宗教层面的话，因为不是一个体系的所以没法比。
有影响力的小说里的话，西游记中，如来和阿弥陀佛被作者同化为一个人，阿弥陀佛居大雷音寺，但是他同时也自称是释迦摩尼尊者。阿弥陀佛是万佛之主，是佛界最高领袖。元始天尊则是仙人中的至高存在，佛界也在仙界的范围中，所以地位自然比如来要高。书中有三清四御五老这样的说法，玉皇大帝是四御之一，如来是五老之一，而最崇高的元始天尊就是三清之一，差了不是一个级别。玉皇大帝还是由元始天尊任命的。
封神演义中，如来是多宝道人所化。多宝道人原本是通天教主（原型应该是儒教的孔子+三清之一的灵宝天尊）的首席大弟子，而元始天尊是通天教主的师兄，阐教的教主，两者又不是一个级别的。
在中国神话体系中，元始天尊是至高无上的存在，其实你看名字就该知道。
补充：其实在名著中两人也间接交过手。道教有一气化三清的说法，同样是三清之一的太上老君和元始天尊应该战斗力相近。太上老君的一只坐骑青牛就完虐所有天兵天将+孙悟空。孙悟空请如来施救，如来使用的法宝也没起任何作用。对比和大鹏一战，灵山总战力全部出动，这次明明唐僧也是危在旦夕，如来却直接放弃了战斗，可见如来自己也清楚没有胜算，只能拿堆垃圾敷衍一下。
至于太上老君被孙悟空殴打，玉皇大帝被猴子吓得躲在桌子下，那都是电视剧和动画片的戏剧化加工。
如来佛祖即佛教教祖—释迦牟尼，而元始天尊是公认的道教鼻祖。二者都是教派祖师，不属同一教派，谈不是谁更厉害。
释迦牟尼，原名悉达多·乔达摩，古印度著名思想家，佛教创始人，出生于今尼泊尔南部。被后世尊称为佛陀（Buddha、意为“觉悟者”）、世尊等；汉地尊称他为佛祖，即“佛教祖师”。被世人尊为神明。
元始天尊：又名“太上盘古氏天道元始天尊”。是公认的道教鼻祖。在“三清”之中位列最尊，混沌未开之时，元始天尊曾以盘古巨身开天辟地。《历代神仙通鉴》称元始天尊为“主宰天界之祖”。在太元（即是宇宙）诞生之前便已存在，所以尊称他为元始。在无量劫数来临之时，用玄妙的天道来教化众生，故而尊称他为天尊。
如来佛主以前是通天教主座下弟子多宝
而原始天尊是通天教主师兄
肯定是原始天尊厉害啊 都是圣人啦
如来才是准圣而已
“道散形为炁，聚形为太上老君”。——《老子想尔注》
这句话非常震撼！！！！！太上老君是大道本体，太上老君是如来的父亲。太上老君在佛教的意思心、法性、如来藏，人格化普贤王，百度一下普贤王。
心造诸如来，一切唯心造。
如来和太上老君比，如来就像一个小儿一样。如果没有太上老君的旨意，如来连一根毛都吹不动！
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