仍然可以向法院起诉的。
工程合同超过二年的，并不表示工程欠款就已经超过了二年的诉讼时效，根据法律规定，谣言诉讼时效要从权利人知道或应当知道权利遭受侵害之日起算。所以，如果虽然工程合同已经超过二年，但根据合同所约定的工程款的支付时间，工程款完全可能没有超过二年的诉讼时效，所以应仍然可以正常地向法院起诉，要求对方支付工程款。
如果工程款也已经属于超过二年时间未付的，但如果债权人能证明期间存在向对方催讨、对方承诺还款等诉讼时效中断情形的，只要重新计算的时间未过二年的，仍属于未过诉讼时效。
另外，即使超过二年的诉讼时效的，债权人也可以向法院起诉，法院也会正常受理，在诉讼中，如果对方未就诉讼时效向法院提出抗辩的，法院不会主动对是否超过诉讼时效进行审查，债权人仍然有胜诉的可能。
仍然可以向法院起诉的。
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