一般他们有工作程序的。有时会列入专项检查，有时会列入日常专题检查。具体是这样的：平时税收专管理员或税务稽查员在日常工作和日常检查过程中，或特意安排到事业和行政单位搜集发票联，拿回来与验旧过的发票存根或电脑里的信息比对，发现有的大头小尾的，选入税务稽查对象，进而对该纳税人的发票一张张的核对，当然有部分是对不出来，掌握一定的证据后，安排对企业进行税收检查，同时，责令企业对先前未核对出的发票提供信息。
当发票是指增值税专用发票时，若你公司营业净收入与所缴纳的税不合理时，税务局人员会根据供应商所开发票的所在地与你公司资料进行核对；也会根据你公司开发票所在地与客户资料进行核对。
对于一张张核对，也是有可能的。因为这是他们的工作嘛
当发票是指普通发票时，你公司所收到的发票是真的、金额、供应商的公章、书写公正等等，都合理的话，一般是不会查账的
这个要看他们认为我家会不会存在这种现象，以及他们认为的错误的金额的大小。
如果他们认为你家存在这种情况，他们会联系发票与存根进行比对的。
但至于是不是一张一张，这个就不好说了。
在申报税收的时候有一部分就是按照你们的开票金额申报的
如果在税收稽查的时候发现你们账面利润和申报利润有差额
又不存在合理的原因
就有可能对你们进行具体的稽查了
这时候就有可能发现你们发票的大小头
不然的话难度还是很高的
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