我火车和飞机都做过,我觉得还是火车方便。这个意大利官方火车购买网站 http://www.trenitalia.com,网页右上角可以换成英文or中文。
佛罗伦萨到比萨,我是在火车站直接买票的,因为本来没有在计划当中。比萨是否有直达罗马的火车不清楚,但可以比萨--佛罗伦萨--罗马,提前买会有折扣的。