明朝中后期开始，内阁大学士开始由尚书担任，而这些尚书有的还担任太保、太傅、少保、少傅等，有很高的政治地位，官阶为正一品，于是六部尚书有事只好请示内阁大学士，这就使他们实际上成为内阁的下属，等于又恢复了中书省统率六部的旧制。后来内阁大学士又按地位高低顺序，分为首辅、次辅、群辅，首辅“偃然汉唐宰辅，特不居丞相名耳”。在这种情况下，内阁便有了宰相化的发展倾向，个别内阁辅臣的权力也像以前的丞相那么大了，于是相继出现了像夏言、严嵩、徐阶、高拱、张居正等没有丞相之名却有丞相之权的“权相”。正像谭天星在他的《明代内阁政治》中所说那样：“内阁虽无相名，实有相职；虽有相职，实无相权；既无相权，却有相责。”
军机处详解
43岁的怡亲王允祥、57岁的大学士张廷玉、60岁的大学士蒋廷锡，大概没有想到，当他们三人走进隆宗门边那几所极为简陋的小板屋时，将开启中华帝国中枢机构大变革的帷幕。
这是1729年，雍正七年的夏季。
中华帝国的庞大兵团，正向西北方的戈壁瀚海推进，讨伐准噶尔部。作为最高领导核心的雍正皇帝，需要时时与他的重要大臣们商议，但内阁设在太和门的文华殿前，离雍正居住的养心殿有相当距离，很不方便。何况，密集的军报要走公文途径层层转递，不仅效率低，保密性也差。
因此，雍正下令，在隆宗门外设立一个专门的办公室，供允祥、张廷玉、蒋廷锡密办军事之用，组成了一个非正式的“中央军事领导小组”。
这个“中央军事领导小组”，就叫“军机处”，一个在今后的中国历史中权力最大的机构。
从“三无机构”到“权力核心”
尽管在1732年军机处成为正式机构，并且从未中断(除了乾隆元年中断1年)，但军机处自始至终都是“三无”机构——无编制、无定员、无预算，所有的干部都是兼职，从法理上看是一个长期存在的临时咨询机构。无独有偶的是，1861年在英法联军炮口下成立的“总理各国实务衙门”(总理衙门)，也是一个自始自终都是“三无”的机构，所有干部也都是兼职。
在中华帝国的行政序列中，军机处和总理衙门中的实质，相当于跨部门的临时委员会，这种委员会即便在如今的欧美等国也并不罕见，但能够如此长时期的存在，却独此一家。
尤其具有大清特色的是，作为“三无”机构的军机处，长期扮演实质上的最高行政当局角色，同样的总理衙门，也长期扮演着外交部和发改委的角色。
在一个讲求“名不正则言不顺”的国度，这种显然是“违宪”——如果将名正言顺当做立国之“宪”的话——的“潜规则”行为，体现的或许正是大清特色的摸着石头过河的改革模式：
一、在正规的行政机器难以有效施政的情况下，只能依靠这类临时机构，提高行政效率、至少提高最高当局的行政效率；
二、这种“三无”临时机构的设立和撤销，绕开了复杂的流程，不涉及对整个行政架构的高难度调整，便于进退；
三、这种“三无”临时机构不会过度增加行政成本；
四、这种“三无”临时机构便于最高领导人绕开固有的行政流程、实现其在人事组织上的各种意图。在需要的时候，既可以最大限度地减少对现有官僚体系的冲击，也可以最大限度地施加对现有官僚体系的打击，攻防兼备，矛、盾并举，相当趁手。
这种做法，在后世也颇有效仿者，比如蒋中正的侍从室及后来的中央文革小组之类。
开端于雍正皇帝的“军机处”，名义上只是个处理军务的机构，西方人也曾将此翻译为“Office of Military Secrets”(军事机密办公室)。但如此趁手的工具，当然不能仅仅用于战时。
西北战事结束后，雍正皇帝不仅没有撤销这个临时机构，反而进一步壮大，并迅速成为大清国的行政核心。西方人对大清国的观察是与时俱进的，不再是直译，而是译为“The Grand Council”(大议会)，法、意、德等西方语言中均是如此。军机处的定位，迅速成为“威命所寄”的权力核心。
“威命所寄”与皇权强化
军机处的管辖范围，从政治到军事、从政府到宫廷，无所不包。
“军机处名不师古，而丝纶出纳，职居密勿。初只秉庙谟商戎略而已，厥后军国大计，罔不总揽。自雍、乾后百八十年，威命所寄，不于内阁而于军机处，盖隐然执政之府矣。”(《清史稿》)这段描写的确十分准确：一、军机处“名不师古”，的确是个独创，名为军机，实际上“罔不总揽”；二、“隐然执政之府”，是说其虽有执政之实，却无执政之名，它本身作为一个非常设的“三无”机构，完全依附于皇帝。这恰恰是军机处的生命力所在。
自从有了军机处，皇帝的权威得到了有史以来从未有过的强化。
清代独有的“议政王大臣会议”，在几任皇帝的持续努力下，在军机处的襄助下，终于在雍正朝名存实亡，被剥夺了实际的任何权力，连橡皮图章也不是，终于在1791年正式废除。
中国传统中对皇权最具制衡效果的相权，也在军机处的设立后受到史无前例的压制，内阁彻底演变为一个日常行政部门，而丧失了决策权——尽管它的重要成员往往是军机处成员，但他们参与决策的身份仅仅是军机大臣、皇帝的私人顾问。
台湾著名学者傅宗懋认为：“世宗(雍正)的集权很是巧妙的，并不是像以前的枝枝节节，他只设了一个军机处，于是就把以前内阁和八旗的权力，整个拿来。”(《清代军机处组织及职掌之研究》)
历史上困扰皇权的其他因素，比如外戚、宦官等问题，终清一朝，都受到严格的控制。实际上，自从建立了军机处，清帝国对于无序的权力斗争的唯一风险，就在于如何控制军机处本身。
解决的办法依然是对权力进行分解，防止出现无限的权力。内阁虽然蜕变为纯粹的行政机构，但依然与军机处形成了相互制衡的格局：军机处有实无名，内阁有名无实，一个动口而不动手，另一个动手而不动口，口与手的分离，有效地避免形成新的权力垄断。
此外，与军机处相互制衡的，还有“御前大臣”。御前大臣掌管了相当的财力、物力乃至军力，可算是真正的“内廷”，而军机处则相当于连接内廷与外廷的“中廷”。根据清制，“军机大臣及御前大臣彼此不令相兼，所以杜专擅而防雍蔽”(庆桂《国朝宫史续编》)。这种大清特色的分权机制，确保了军机处的权力不至于过度膨胀。
对军机处本身的钳制手段，还有其“三无”特性：军机大臣、军机章京都是兼差，无论人事关系还是工资奖金，都不在军机处，各有自己的本职工作和单位，相互之间也并无明确固定的上下级关系，所有人、包括章京的任免都由皇帝一人裁决，这导致其内部结党的难度大大增加。
军机处唯一的一次尾大不掉，是在和珅担任“领班”时期。之前，所有的奏折按规定都是直送皇帝拆阅，而后皇帝根据需要，将奏折发交军机处处理。接收和发放奏折的，是“奏事处”，这个部门并不隶属于军机处，而归御前大臣管辖。这也是雍正皇帝在顶层设计时考虑到的权力制衡，防止参与决策的军机处掌控信息通道。
但和珅掌权后，身兼军机大臣和御前大臣，打破了制衡的框架，要求“凡有奏折令具副本关会军机处”。如此以来，在制度设计上，就令军机处的地位大大提高，不仅参与决策，还实际掌控了信息渠道，皇帝被操纵的风险大大增加。
嘉庆皇帝在翦除和珅后，立即废除此条。此外，嘉庆皇帝还多次刻意地挫压朝臣中尊崇军机处的风气，并否决了一位官员提出的在奏折内将军机处抬写以示尊重的建议。
嘉庆皇帝对于军机处的一连串打压，主要是基于对和珅专权的拨乱反正，他本人对于军机处的作用并不否定。
嘉庆十年，有人提出取消军机处的建议时，遭到嘉庆皇帝的断然拒绝，他解释说，军机处并非仅仅办理军务，“一切承旨书谕及办理各件，皆关系机要，此与前代所称‘平章军国重事’相仿”(《枢桓纪略》)。
在嘉庆的这段话中，军机处被提高到了“平章军国重事”的宰辅地位，这当然只是口惠，军机处毕竟始终只是“三无”机构，可干宰辅的活，却无宰辅的权，在已有的制度制约下，断无坐大的风险。
在制度的多方约束下，军机处的确在成为一只有力的臂膀的同时，并不伤及政权肌体。光绪朝倡立宪政时，御史张瑞荫对军机处做出了相当中肯的总结：“自设军机处，名臣贤相不胜指屈，类皆小心敬慎，奉公守法。其弊不过有庸臣，断不至有权臣”。
勤、速、密
军机处的高效，不仅来自于结构上的扁平，而且还来自于迥异于常规官场的工作作风，那就是“勤、速、密”。
中国历朝历代中，清代皇帝最为勤政，在其职业生涯中，几乎每天都在上班，如雍正皇帝这般，还涉嫌死于“过劳死”。皇帝勤政，军机处就只好受苦，配合皇帝的作息时间，起早摸黑，经常两头见星星。
军机处的工作要求，是当日事、当日毕，不管有多少公文，都必须在当天完成，颇有现代企业的严谨精神。有时，一天的奏折多达百余件，也不能过夜，必须连夜处理完毕，当然，皇帝本人也在熬夜。至于发生了重大或突发事件，更必须彻夜值班，一日之内皇帝或许会数次召见，工作压力和强度十分巨大。即便皇帝在出行途中，军机大臣也必须随伺，在路途之中也顾不上“看花”，工作不辍。
“勤”是工作强度，而“速”则是工作效率。除了“当日事当日毕”之外，军机处要求时刻有人值班，军机章京们分了班，三班倒上班。军机处所拟的谕旨，除“明发”要走内阁、部院等层层下达程序外，直接密封发给各地督抚的“廷寄”，都要由兵部限时专递。
这种“快递”的时限要求，都由军机章京们在公文信封上注明每日必须完成的里程数，所谓“四百里加急”“六百里加急”乃至最高等级的“八百里加急”之类。实行这样严格的“数字化管理”，在中国历史上前无古人，这既是对军机处的效率要求，也是对整个国家机器政令畅通程度的严峻考验。
“密”，则是军机处工作的最大特点。军机处的一切公文，都必须在办公室内完成，不得带回家。军机处的办公地点，戒备森严，外面有专门的护军把守，上至王公大臣，下至太监宫女，都严禁私入，甚至连洒扫庭除、端茶送水等服务，都规定必须由15岁以下、且不识字的小太监担任，称为“小么童”。一过15岁，“小么童”就必须立即换岗，不得继续留在军机处。
军机处的保密工作，在乾隆晚年倦勤时曾被破坏，俨然成了打探各种政治小道消息的集市。嘉庆整垮和珅后，立即重申了军机处的保密纪律：军机大臣不准在军机处办理部院稿案；各部司员不准至军机处回事；自王以下文武满汉大臣不准到军机处找军机大臣谈话；军机章京办事之处不准闲人窥视；留京王大臣不准要军机章京办理陈奏事件；军机章京不准将公事携回私寓办理等。他甚至派出御史，进驻军机处，这既是对军机处的监督，也是对其他官员违反军机处保密条例的监督，这开创了中国历史上纪检干部上门办公的先例。
军机处的成立，改变了中国长期以来的公文惯例。
皇帝对官员的批示，被分成了“明发”与“廷寄”两大类。明发，依然走的是传统的圣旨下达渠道，经内阁而各部，再发往相关地方。而“廷寄”，则由军机处直接密封发给相关官员，不经由内阁，而从内廷直接发出。
“廷寄”又分“字寄”和“传谕”两种：“行经略大将军、钦差大臣、将军、参赞大臣、都统、副都统、办事大臣、领队大臣、总督、巡抚、学政，曰军机大臣字寄；其行监政、关差、藩臬，曰军机大臣传谕。”(《枢桓纪略》)廷寄等于是一对一的密旨，只许本人拆阅，不许别人代拆。领旨以后，官员还必须将接旨的时间、办理情况等，向皇帝一一汇报。
与此对应的，上行文件也得到了巨大的改革。
清初文书制度，沿袭明代，上行文件一律用“本”，其中，公事用“题本”，要加盖公章，私事(涉及到任、升转、谢恩及其他私事)则用“奏本”，不得加盖公章哦。这些“题本”“奏本”按层级逐级上呈，层层登记，效率低，无法保密。
康熙年间，为了及时获得第一手信息，准许部分亲信大臣密折上奏，绕开行政机器，直送御前，这就是“奏折”的开始。“康熙五十一年正月壬子，命内外大臣具折陈事，折奏自此始。”(《清史稿》)虽然，在《大清会典事例》中记载：“顺治十三年谕，向来科道及满汉各官奏折，俱先送内院，今后悉照部例，径诣宫门陈奏。”
问题是，清宫档案中并无顺治年的奏折，因此，学界基本认为这可能是编撰《大清会典事例》时，“奏本”笔误为“奏折”了。奏折与题本奏本不同，是大臣向皇帝的点对点直接书面汇报，旁人不得查阅，也不需经过任何中间环节审核。
雍正皇帝建立了军机处后，大大扩大了有权上奏的官员的范围，奏折于是迅速成为机密文书的标准方式。非机密的日常政务，则依然通过“题本”和“奏本”上行，直到1784年明令废止奏本，上行文件就剩下奏折与题本两种。
奏折必须直送皇帝亲拆，即便军机大臣也不可先行拆阅，皇帝对奏折批示后，再发给军机处进行处置。皇帝的批示用朱笔，因此称为“朱批”。一旦奏折被朱批，军机处就必须抄录一份存档。皇帝的批示，再以廷寄的方式送达官员，同样也是保密文件。
朱批奏折，起初都留在相应的官员手上，但雍正一登基时就要求全部回缴： “所有皇考(即康熙)朱批谕旨，俱着敬谨封固进呈。若抄写、存留、隐匿、焚弃，日后发觉，断不宽恕，定行从重治罪。”不仅康熙的朱批奏折要收回，之后的所有朱批奏折都必须在当年缴还军机处，上奏人不得抄录或留存。
这样的目的，既是为了保密，也是为了防止大臣们留作某种证据，今后给皇帝带来被动或难堪。收回的朱批，都按规定保存在军机处档案中。严格的文件管理制度，是军机处档案至今仍保管完整的主要原因之一。
奏折-朱批的文件上下行制度，令机密性大大加强，实际上解除了官员们在与皇帝单线沟通时的顾虑，成为一种相当有效的权力制衡、相互监督的手段。为了防止被人告发，官员们只能谨慎从事，不敢过于妄为，清代的腐败始终不及明代严峻，这个制度应该是发挥了相当的威慑作用的。而更为海量的日常政务信息，依然通过明发-题本的常规渠道上下行，由内阁负责筛选和处置。军机处和内阁，分别成为处理机密、普通政务信息的CPU，这样的双CPU设置，提升了清帝国的行政处置能力。
对于军机处的设立，无论中外，大多数的学者都认为其加强了清代皇帝的独裁。对此，美国当代汉学家白彬菊(Beatrice Bartlett)似乎并不认同。她在大量研读分析了军机处的档案文献后，在其名著《君主与大臣：清中期的军机处》中，对军机处给予了极高的评价。
她认为，军机处实现了从“君主专政”向“大臣行政”、从“直接的帝国个人专制”向“君臣联合行政”的转变，这种变化令清政权在“中年”时走向昌盛，并最终延长了其寿命。
在她看来，军机处的设立并非加强了皇帝独裁，相反倒是对皇权独裁的 “和平演变”，她认为：大臣们融入了皇帝的最高决策过程，实际上削弱了这种独裁，自雍正之后，皇帝独裁的情况就比较少了。军机处的功绩，在于建立了一个高效运转的政府。当时的清帝国，其国土和人口皆类似如今的美国，这产生了海量的信息，对信息进行筛选和处理，成为最高决策层的关键。军机处协助皇帝抓大放小，将有限的资源投放到最根本和主要的地方，是决策者对海量信息的有效应对。
这样的评价，是中肯的。
不可否认，在5000年的中国历史及自秦帝国以来的2000多年历史中，清帝国的军机处，第一次有效地提供了一个管理大国的中性的、非政治化的行政工具，既大大提高了行政的效率，又避免了其本身成为权争主角的历史怪圈。这是近代政制上的一大创举，其在权力制衡与监督方面的诸多设计，迄今依然有着丰富的现实价值。
在国家机器的运作效率方面，清代的军机处或许创下了中国历史之最，成为中国五千年来最为精简、扁平的政府机构：只有军机大臣、军机章京两层，有官无吏，“其制无公署，大小无专官”，甚至连办公场所都不称衙署，只叫“值庐”或“公所”。
军机大臣，通称“大军机”，正式称谓“军机处行走”或“军机大臣上行走”，资格略浅者，称“军机大臣上学习行走”，基本从大学士、尚书、侍郎中特简亲任，为兼职，保留原职实缺，无定员，无固定任期。首席称“领班”，末席则俗称“打帘子军机”——进出时给同僚们掀开帘子，待大家都进出后自己才跟在最后。军机大臣人数很少，雍正刚建立军机处时，只有3~5人，后来多的时候也仅11人，成为一个精干的小团队。
领班军机大臣，常被人看作是大清宰相。根据军机处最初的工作流程，与皇帝商议政务、承旨起草谕旨等，一般都是领班军机大臣单独觐见，少数情况下才大家一起开会；从军机处转发出去的谕旨，也以“领班”个人署名，这的确是一人之下万人之上的宰辅，权大责也大。
到乾隆年间，名臣傅恒担任“领班”，这位国舅爷忧谗畏讥，请求乾隆皇帝今后不再单独召见“领班”，而改为召见全体军机大臣，以便集思广益，外发的谕旨也不再以“领班”个人署名，而用军机处的集体名义。这的确削弱了“领班”的权力，也减轻了他的压力，并发挥了军机处的集体智慧，在最高层实现了军机处“民主”、而后到皇帝那里“集中”的“民主集中制”。
军机大臣，一般不用亲王。最初的例外是军机处初创时的怡亲王允祥，其次是嘉庆中期的成亲王永 ，他入值军机处的时间很短，不到10个月，即被喊停，为的就是防止亲贵坐大。
咸丰年间，这一禁令被破坏，恭亲王奕忻被命“在军机大臣上行走”。这与奕忻的特殊地位有关。作为曾经比咸丰皇帝更有优势的皇位继承人选，奕忻虽然最终未能即位，但也开创了一个中国历史上空前绝后的例外：在道光皇帝传位咸丰的遗诏中，同时提及奕忻，将其封为“恭亲王”。这样特殊的封爵方式，显露道光对奕忻的爱重，咸丰自然必须考虑这一因素。
不久，奕忻就被咸丰打入政治冷宫，军机大臣自然被废，直到英法联军入侵才开始东山再起。咸丰死后，奕忻联手慈安、慈禧两宫太后，发动“辛酉政变”，一举掌握了国家的实际大权，出任议政王，领导军机处。
自此直到1911年裁撤军机处，由亲王担任领班军机大臣便成为清帝国的惯例，这看上去与亲王不兼军机的祖制相违背，但实质上并不矛盾——在晚清的50年间，主导帝国政制的，是“亲王辅政”与“垂帘听政”相辅相成的“一国两制”，亲王与太后相互制衡和监督，避免对方成为新的多尔衮或者武则天，亲王兼任军机而擅权的机会和空间都很小。(参阅雪珥著作《帝国政改》)
军机章京，通称“小军机”，即军机处的秘书。最初多由内阁中书中选调，乾隆年间改为由内阁及各部院衙门保举，军机大臣考核合格后，由皇帝亲自选用。
嘉庆四年(1799年)后，汉章京一律由内阁中书、六部郎中、员外郎、主事、七品京官，进士、举人出身者兼充；而满章京则在内阁中书、六部及理藩院郎中、员外郎、主事、笔贴士中选拔。在经过严格的政审和考试后，入选的军机章京往往是中央部委中最为优秀的青年干部，不仅思维敏锐、文字了得，并且具备相当的行政经验，对业务十分熟悉，工作作风严谨扎实，方能应对高淘汰率的筛选及军机处的高强度工作。
有意思的是，军机章京最初就规定一概不用高干子弟。应该说，军机处对“官二代”的拒绝，一方面有利于防止既得利益集团在最高权力中枢结党，另一方面也给普通家庭子弟参与国家大政提供了更多机会，这对政权的延年益寿是大有好处的。
军机章京虽然品阶并不高，但权力的大小很多时候与本身的职位并不一定相关，而与距离最高权力的远近成正比。军机章京有相当多的特殊待遇，即便只是七品的内阁中书，入选军机章京后就可以挂朝珠(文官五品、武官四品以上待遇)、穿貂褂(四品以上待遇)、戴全红雨帽(三品以上待遇)，地位尊崇。作为天子脚下的“大秘”，参与机密，服务中枢，实际权力并不小。
扁平化的机构、精干的队伍、简捷的工作流程，这些都大大提高了军机处的工作效率
从设立内阁大学士发展到军机处都是君主集权的一步一步升级
明清两朝君主专制空前强化，明朝废宰相，六部直属皇帝，清朝更进一步，设立军机处，标志着我国君主专制达到历史最高峰
危害
君权专制易形成暴政和导致腐败现象出现，造成对人民压迫和剥削的加重，激化社会矛盾；导致思想文化专制，箝制了人们的思想，有碍科技文化的进一步发展；长期的专制主义造成了国民的奴性。束缚了资本主义萌芽的发展，延缓了传统社会经济结构的瓦解。
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