1、加总相关明细账户余额与总账余额比较核对二者是否一致。
2、运用统计抽样，抽查会计记录，从凭证到账户。
3、巡视库房，抽查清点库存药品、器材等账面存货，确定存货的保管情况以及存货资产的存在性、完整性及计价的准确性。
4、清查固定资产，确定资产的管理、使用情况以及增减值情况。
5、盘点现金，核对银行存款余额，确定货币资金的安全性及账实核对情况。
6、函证主要往来账户余额，选取无法函证或未取得回函的重要账户实行替代程序，确定往来结算的准确性。
7、审核收费系统的收入日报表、药品销售日报表、现金收入日报表，交叉核对并与系统核对一致。
8、审核各类经济合同，对重要合同签订的招、投标及执行情况进行审查与评价。
9、审查工程的预、决算资料，复算工程量，确定工程支出的合理性、准确性。
10、检查采购计划、采购合同与发票、入库单、付款支票是否一致。
11、采用分析性复核程序，审查成本计算的准确性、折旧计提的正确性等。
12、检查涉税项目，确定被审计单位是否遵守国家税收法律、法规及其他规定，是否按时、足额缴纳税款。
13、审核费用的发生情况、审批手续，确定其真实性、合法性、合理性。
14、其他审计程序。
内部审计人员通过执行初步调查、符合性测试和详细审查，收集适当的、有用的及相关的审计证据，并通过分析与评价形成审计发现，并提出适当的审计建议。
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