有区别的，首先分子组成上，肝素阴离子一个是结合一价的钠离子，另一个是结合二价的钙离子。在低分子肝素的应用上，二者的性质是不一样的，现在的医学发展的趋势是低分子肝素钙，是肝素钠的在加工产物。保证了肝素应用过程中的安全性。
肝素钠：本品系自猪的肠黏膜中提取的硫酸氨基葡萄糖的钠盐，属粘多糖类物质，通过激活抗凝血酶ⅲ(at-ⅲ)而发挥抗凝作用。它对凝血过程的三个阶段均有影响，在体内外均有抗凝作用，可延长凝血时间、凝血酶原时间和凝血酶时间。口服不吸收，皮下、肌肉或静脉给药均吸收良好。
肝素钙与肝素钠作用相似，但本品皮下注射后不减少细胞间毛细血管的钙胶质，也不改变血管通透性，基本上克服了肝素钠皮下注射易致出血的副作用。本品还有明显的抗肾素和抗醛固酮的活性
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