1938年（民国廿七年，全面抗日战争爆发第二年），首都南京沦陷，为躲避日本侵略者的烧杀抢掠，部分南京高校知识分子就近避难逃入安徽省含山县境内，在中华民国国民政府的组织下成立七邑联中，此为含山中学由来。1942年，国民党安徽省教育厅对各地在抗日期间设立的学校进行统一规划，更名为安徽省立第十三中学。1945年抗战胜利，国民政府拟将省立十三中归并与县管理，并与1946年迁入含山县城内，更名为安徽省立含山中学。1948年，含城解放。1949年2月，根据上级指示，安徽省立寒山中学与含山县立初级中学合并为含山公立中学。1949年下半年，更名为皖北巢湖行政区含山初级中学。1951年上半年又改名为皖北区含山初级中学。1958年下半年，经省教育厅命名，学校改名为安徽省含山中学。此后，这个校名除文化大革命时改为含山农机厂中学外，一直沿用至今。2007年，新校区建成，学校高中部独立出校，搬入新校区，这便是现在的含山中学。
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