光学显微镜最小能观察到细菌个体，而电子显微镜能观察到细胞内结构，最牛的可以观察到原子结构。
光学显微镜一般放大倍数只有40-1000倍（包括油镜）只能看到细胞的大概结构，如细胞核，植物细胞的大液泡等，但根据观察的材料不同也可看到其他的结构，如在果蝇唾液腺细胞中就能清楚地看到染色体结构。
电子显微镜分电子扫描显微镜和电子透射显微镜，一般能放大50000倍以上，扫描显微镜一般用来观察物体表面状况，比如细胞膜表面。而投射显微镜一般用来观察内部结构，比如肌肉细胞中的肌肉纤维。
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