2001年，以公派访问学者身份赴美国马里兰大学音乐学院学习。在研究授课的同时，接受美国著名声乐教授Carmen Balthrop和David Chapman指导。
2001年至今，任上海音乐学院教授、硕士生导师、声乐系民族声乐教研室主任。并受聘担任上海华东师范大学音乐学院、沈阳音乐学院、武汉音乐学院、西安音乐学院、云南艺术学院、广西艺术学院客座教授。
2010年10月21日21时，“宁远之夜，放歌伊犁·上海音乐学院歌唱家新疆伊犁之行”音乐会在伊犁师范学院科学会堂举行。慕名而来的音乐爱好者、教师、艺术工作者及师范学院艺术系学生挤满了科学会堂。
上海音乐学院声乐系副教授董明霞演唱的新疆民歌《青春小鸟》博得了现场观众的热烈掌声。当中国颇具实力的著名歌唱家和著名声乐教育专家、上海音乐学院教授、硕士生导师方琼一亮嗓，其清纯甜润的歌声立刻就吸引了在场所有听众的注意力。
演唱结束后，第三次来伊犁的上海音乐学院声乐系教师、女高音歌唱家、出生于新疆喀什的孟锦慧接受了记者的采访。她深情地说，她与伊犁结缘，缘于《伊犁河的思念》那首歌。那是2005年伊犁州举办旅游节期间，她专程来到伊犁演唱了这首歌。如今，这首歌已被拍成MTV，经常被播放和传唱，她感到十分高兴。图为董明霞在演唱《蓝色爱情海》。
2011年11月15日 北京保利剧院成功举办“海上寻梦”个人演唱会。
2012年4月20日 上海东方艺术中心音乐厅举办“花样年华”方琼怀旧金曲演唱会。
2012年5月28日 西安曲江国际会议中心举办“花样年华”方琼怀旧金曲多媒体演唱会。
2013年5月10-11日 香港文化中心音乐厅将携手香港中乐团，中沪金曲之夜演唱周旋歌曲。
先后在上海音乐厅、上海大剧院、上海东方艺术中心、北京音乐厅及港、澳、台地区和美国、加拿大、日本、马来西亚、新加坡等国家举办近三十场独唱音乐会。
经常应邀参加国内外的各种艺术节，曾出访欧洲、北美、亚洲等20多个国家并演唱。
2001年10月，方琼应澳门国际音乐节之邀，在澳门文化中心与上海交响乐团、歌手蔡琴等联合上演了“海上寻梦”怀旧金曲演唱会。
方琼多次担任中国音协全国金钟奖，全国青年歌手电视大奖赛等国家级声乐大赛评委。
她潜心教学，成绩斐然，培养的学生邓容，吴娜，王喆，方瑶，敖长生，李炜鹏，扎西顿珠，蒋倩茹等屡屡在CCTV全国青年歌手电视大奖赛，中国音乐家协会金钟奖等大型比赛中获金银铜大奖，为上海音乐学院争得了荣誉。
方琼还主演过音乐电视片《相会在海边》、歌剧《太阳岛》；从1990年起担任芭蕾舞剧《白毛女》喜儿的主唱，还为广播剧、电视剧《刑警803》、《还珠格格》等录制了主题歌和插曲。
2014年5月18日上海东方艺术中心举办《在灿烂的五月里——方琼从艺30年师生音乐会》
2014年5月31日在广州大剧院举办《海上新梦-上海经典老歌音乐会》
2014年10月6日在上海文化广场参加《又一个春天-纪念邓小平诞辰110周年大型诗歌交响音乐会》
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