因为大部分的酶是蛋白质类，蛋白质本身就是由有生命的生物体产生，而微生物的生长特性和环境使得他们成为制备酶制剂的最佳原材料
因为这种方法成本低，更适合工业化生产，并可采用基因工程技术进行改造，改造的技术成熟等，而从植物动物中提取不仅成本高，且改造的或提高产量的方法不多，同时，也不环保，破坏环境。
易饲养，可大批量生产
因为微生物①不受条件限制②繁殖速度快③种类繁多④易培养⑤大多数酶都可以由微生物制备
