你说的目录应该是分类目录吧？
分类就是用来给你的文章进行一个比较宽泛的分组。可以把它看作是话题和目录。分类是可以让用户知道你的网站大概是什么样子的，而且可以帮助用户尽快的找到需要的内容。分类是分层的，所以你可以建立子分类。
标签是用来描述你文章的一些细节用的。可以把这些看作是网站的索引。这些也算是通过细小的数据来进行一些小分类。标签没有分层结构。
相同点：
分类和标签都是用来帮助梳理文章的。他们的根本目标都是把文章进行分类，进而提高网站的易用性。
不同点：
分类和标签的一个很大的区别就是你必须给你的文章一个分类，但可以不加上任何标签。如果你没有给你的文章分类的话，文章会自动被添加到“未分类”的目录下，不过人们通常会把“未分类”重命名为为其他名字。
另外一个区别就是分类和标签的永久链接表达方式是不一样的。如果你使用的是自定义的永久链接结构，前缀就可以是不一样的，例如：
http://www.baidu.com/category/WordPress/
vs.
http://www.baidu.com/tag/WordPress/
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