主要区别在于外因和内因过敏是因为外因，且必须是第二次接触过敏原时才会出现过敏反应。因为第一次接触时只是会引起抗体在细胞膜表面附着，而第二次再接触抗原时，抗体就会造成细胞暂时性异常。自身免疫疾病是内因。是因为自身免疫系统缺陷，无法正确识别自身细胞而造成的。往往是自身免疫系统针对自己身体上的器官发动攻击，最终造成该器官死亡。
