日本新选组灭亡的原因？

庆应三年十一月，末代幕府将军德川庆喜实行大政奉还。不久新政府和幕府之间展开戊辰战争，新选组站在幕府一方参与1868年初的鸟羽伏见之战，被新政府军击败。新选组屡败屡战，甲州胜沼之战后，新选组返回江户，部份队员在这时离队。近藤勇被新政府军捕获处死，冲田总司也因肺结核而病逝。新选组其后参与宇都宫城之战和会津战争，斋藤一在会津战争其间离队。土方岁三与部份队员跟随其他拥护幕府的军队退到北海道，成立虾夷共和国及参与箱馆战争。明治二年（1869年）五月，土方与明治政府军作战时中弹身亡，相马主计接任，与余下的新选组队员投降，不久虾夷共和国也随著总统榎本武扬的投降而灭亡。

主要就是历史大势所趋啦，毕竟新选组是站在幕府一方的啊，戊辰战争倒幕派最后取得胜利，才有后来的近代日本转折点明治维新。
另外，作为一个以冷兵器作为制式武器，所谓的局中法度又深刻遵守武士道精神的组织，败在现代化军队手中是理所当然的啊。就算他们没在战争中死去，明治政府也不会放任这么一支相当危险的队伍继续活下去吧。

违逆了历史啊
新选组是为幕府服务的，在当时的历史条件下，等于是跟新兴的资本主义作对
就算能取得一时的胜利，也无法阻挡新式军队的进攻；而且在新政府也不会允许这样一个典型的旧封建式机构的存在

站错了队，维新派和长萨已经对立了，萨摩派最后釜底抽薪，幕府失势...在这场政治变动中，新选组只是配角中比较富于传奇色彩的一部分而已，与之对应的木户孝允，大久保利通等人虽然活得窝囊，但他们在历史的泥坑里挺了过来，迎接了新时代