A、物质是由分子、原子、离子构成的进行，故A错误；B、分子能保持物质的化学性质，由原子直接构成的物质，原子能保持物质的化学性质，故B错误；C、分子一定比构成该分子的原子大，但是不一定比其它原子大，故C错误；D、化学变化中，分子可分，原子不可，故D正确．故选：D．
