A、水是由水分子构成，过氧化氢是由过氧化氢分子构成，所以化学性质不同是因为分子构成不同，故A正确；B、NaOH和Ca（OH）2都属于碱，电离时生成的阴离子都是OH-所以化学性质相似，故B正确；C、金刚石坚硬而石墨很软是因为碳原子排列方式不同，故C正确；D、水分子是由氢原子和氧原子构成的，故D错误．故选：D．
