清顺治十三年（1656年），割华亭县枫泾、胥浦2乡和集贤、华亭、修竹、新江4乡部分地建娄县，石湖荡地区隶娄县，仍属修竹乡。雍正二年（1724年），割娄县胥浦乡和华亭县西南建金山县，今金汇、金胜和东港村东部隶金山县，原设的乡、保、区、图行政建制基本不变。
民国元年（1912年），撤松江府建置，华、娄两县合并为华亭县。民国三年（1914年），华亭县易名松江县，石湖荡西部地区始设石湖荡、夏庄、洙桥和张庄4个乡，隶天枫区；东部设李塔汇为县府直属乡；金山县部分设泖六、泖七、泖八乡，隶泖港区，仍沿用保图制。民国二十三年（1934年），保图制改为保甲制，今石湖荡地区有石湖荡、夏庄、洙桥、泖六、泖八、李塔汇等6个整乡，张庄、泖七2个部分乡，共有43个保，413个甲，4400多户。 民国二十六年（1937年），日军侵占期间，日伪设乡维持会，2年后改为伪乡政府，石湖荡、夏庄、洙桥、张庄乡划归五厍区。其余隶属不变。 民国三十四年（1945年），抗日战争胜利后，石湖荡、夏庄、洙桥3乡合并为松运乡；张庄乡并入古浦乡；李塔汇乡并入鹤汇乡；泖六、泖七、泖八3乡撤并为泾东、泾西2乡（后2乡撤并为潦北乡）仍隶金山县。
1949年5月，松江解放，松江县下设6个乡镇联合办事处。松运乡拆分为古松、新庄2乡，从古浦乡分出张庄乡，隶属第五乡镇联合办事处；兴隆乡，隶第二乡镇联合办事处，均隶江苏省苏南行政区。同年8月1日，松江市县合并为市，同月，撤销乡镇联合办事处。10月，废除民国时保甲制，市以下建区、乡人民政权组织。同月，金山县泖港区的潦北乡划归松江市城西区，建志同、长浜两乡。11月，松江市撤改为县，全县设10个区，石湖荡东部地区的长浜、志同、兴隆（后改新丰）隶城西区，从古浦乡分出张庄乡隶天昆区；西部地区建石湖区于五厍镇，古松、新庄两乡隶石湖区。
1950年，撤销石湖区，古松、新庄两乡划归天昆区。1951年6月，割长浜乡西部，新丰乡南部建新建乡，至此，石湖荡地区有长浜、新建、古松、新庄5个整乡和志同、新丰、张庄3个部分乡。 长浜乡辖闸浜、黄字、南前、长浜、俞庙、唐梓、新浜、五段、庙浜、田图等10个行政村；新建乡辖金祥、梅花、网胡、四合、五中、陶汇、北前等7个行政村；古松乡辖古松（镇）、旺石、红星、坟头、姚家、头陀港、杨家角等7个行政村；新庄乡辖东三、夏圩、陆诸、中心、南新、北新、南三等7个行政村；志同乡部分有南厍、厍浜、谢家埭等3个行政村；新丰乡部分有三友、丁石2个行政村；张庄乡部分有张南、新庙、强王等3个行政村。
1955年，农业生产互助组相继合并建初级农业生产合作社。1957年11月，初级农业生产合作社先后撤并为高级农业生产合作社。石湖荡东部（原城西区）有胜利、长胜、金星、红星、红旗、新建、新前、新中、星华等9个高级社；西部（原天昆区）有民丰、新兴、红星、古松、五一、中心、联益、南三等8个高级社。同年12月，松江县全面撤区并乡，将天昆区的古松、新庄、大港、张庄等4个小乡和城西区新丰乡的星华高级社合并建古松乡。原城西区的8个高级社仍归城西乡。
1958年9月，古松乡建先锋（后仍改古松）人民公社；城西乡建红旗（后仍改城西）人民公社。行政机构参照军队编制，公社设团，下设营（以原小乡为片）、连（3～5个生产队）、排（生产队）。1959年3月，撤销军事化建制，公社改成管理委员会、下设管理区、生产大队（原高级社名改称）、生产队（小队），以生产大队为基本核算单位。1960年11月，从民丰大队分出南部5个生产队建联民大队。
1962年5月，原古松公社辖古松、红星、新兴、新村、中心、五一、东三、南三、联益、民丰、星华、联民、民华、合民、红光、大港、永利、新光、大德等19个生产大队198个生产队。
1966年5月，“文化大革命”运动开始，各级行政单位相继成立“文化革命小组”。1968年1月，公社、生产大队行政机构相继改称革命委员会，各生产队设政治队长、生产队长和贫下中农协会主席三套班子并列。
1972年3月，古松公社南三大队划归新五公社。1978年3月，划出民华、合民、红光、大港、永利、新光、大德等7个大队建大港公社；划出星华、民丰、联民等3个农业大队和1个水产大队、种畜场及城西公社的红星、金星、胜利、红旗、长胜、新前、新建、新中、红卫大队和渔业队等建塔汇公社。塔汇公社成立后，原红星大队划入长胜大队的俞家田自然村分建东港、新汇两个大队；原胜利大队分建前进、胜利两个大队；新前大队划出南部4个生产队建公社种子场（大队单位）。至此，塔汇公社下辖15个生产大队1个水产队和1个街道居委会。古松公社划出10个生产大队后，下辖9个大队1个街道居委会。
1981年，部分生产大队更名，塔汇公社前进大队更名为汇东，胜利为汇南，红旗为江边，新建为新闸，新中为汇中，红卫为新金，星华为双桥，民丰为张庄，联民为新强。古松公社五一为五村，联益为洙桥，红星为泖新，新兴为新姚，中心为夏庄。
1984年4月，松江县各公社实行“政社分设”。塔汇公社增设塔汇乡；古松公社增设古松乡，各设党委、政府、公社管理委员会三套领导班子。各生产大队易名为村，生产队改为村民小组。塔汇公社种籽场更易名为金祥村，水产大队为东渔村；古松公社种籽场更易名为古场村。
1994年3月，撤塔汇乡建李塔汇镇。撤古松乡建石湖荡镇。
1996年4月，李塔汇镇第一次行政村撤并。撤汇东、汇南村建双汇村；撤金祥、新闸村建金闸村。
1998年7月，李塔汇镇第二次行政村撤并，撤东港、新汇、新前村建东港村；撤长胜、江边村建长胜村；撤汇中、新金村建新中村；撤张庄、双桥、新强村建张庄村。
2001年1月，撤石湖荡、李塔汇镇建石湖荡镇。“撤二建一”后，石湖荡镇下辖东港、金星、双汇、长胜、金闸、新中、张庄、东三、夏庄、新村、新姚、泖新、古松、五村、古场、洙桥、东渔等17个行政村和塔汇、古松2个街道居委会。
2004年5月，石湖荡镇17个行政村撤并为11个。撤金星、双汇村建金汇村；撤长胜、金闸村建金胜村；撤东三、夏庄村建东夏村；撤新村、新姚村建新姚村；撤五村、古场村建新源村；撤古松、泖新村建泖新村。 石湖荡镇境内主要河道有园泄泾、斜塘、泖河、青松港、南界泾等6条，皆东西流向，共长30余公里。
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