至于哪部最精彩，我觉得是萝卜青菜的事。个人最喜欢《通往天国的倒计时》和《贝克街的亡灵》。
前期的经典之作大部分都是这样，比如浓墨重彩描写服部和叶CP的《迷宫的十字路口》，有怪盗基德精彩表演的《银翼的魔术师》和《世纪末的魔术师》，柯南老爸工藤优作和儿子双线破案的《贝克街的亡灵》，毛利大叔大放异彩的《水平线上的阴谋》，灰原哀第一次亮相的剧场版《通往天国的倒计时》（最后飞跃双子塔时，三个男生一人救了灰原一次，现在看可能也就觉得还行，但联想到01年灰原才初登场，身份不明且和少年侦探团相识还很短，我觉得很感人。感谢@哈密瓜 指正，灰原哀在99年《世纪末的魔术师》中就登场了）。
当然这几部还有很多其他亮点，但光这一点就很有新意。
《通往天国的倒计时》最后30分钟即便放到今天多次回看，依然激动人心。全片对灰原的感情刻画也非常细腻。
《贝克街的亡灵》剧情站在福尔摩斯和开膛手杰克两个经典故事的肩膀上，工藤父子在现实和虚拟双线破案，亦真亦幻，节奏感很强。
有趣的是，这两部的案件都不算很出彩。特别是《通往天国的倒计时》的作案动机实在匪夷所思，但这不妨碍整部剧依然评价很高。
这点也很值得思考：一部电影，好的剧情，往往比一两个好的金点子更重要。
感谢提问，个人认为是《业火的向日葵》，理由下面会详细说一下：
用一句不认真来总结似乎就已经足够了！名侦探柯南柯南剧场版质量每况愈下，不过我们喜欢柯南也并不是希望它到底有多大的进步，还有一种来自于童年的怀念。当然我们要求它能够超越前作似乎也是一种不切实际的想法，但最起码，随着时代的变化与技术的提高，已由悬疑推理转型为动作片的名侦探柯南剧场版，按理说是应该可以给观众以动作动画大片的视觉享受与震撼的。可惜在《业火的向日葵》中，并没有丝毫体现。甚至比起之前的作品还要粗糙和难看的画面，说不上比比皆是吧，起码是为数不少。
再讨论剧情方面，主角超神化，犯罪动机弱智化，这两点其实是柯南长期以来都有的弊病，只是在惨不忍睹的剧本面前，这次显得格外突出。再加上每次剧场版都少不了的爆炸，每次都是柯南身处险境然后最后柯南又突然出现这种桥段。这些东西胡乱一凑，就成了柯南如今剧场版惯用的套路。
如果戏不够，当然需要感情来凑。开始小兰那段毫无意义的哭泣煽情，以及中段老奶奶挑明哀心事，都再一次证明了编剧的黔驴技穷。这里不是批判柯南的感情戏不好，关键在于这段感情戏是否是为了加戏而加戏。举个例子，在第五部《通往天国的倒计时》中，小兰和光彦，小兰和步美的谈心，都对这两人，乃至于包括小兰三人在内的人物性格塑造起到了极为关键的作用，而且光彦对于自己喜欢上两个人的不敢相信和懊悔，以及步美时刻关注柯南的小心思，看起来都十分真实不做作。反观近几年的剧场版，小兰哭的实在太过频繁，何况柯南主角光环加持之下，神挡杀神，佛挡杀佛，看起来反倒没有那么感人和真实。
不过该说不说的是《业火的向日葵》也有自己的优点，对于查理警官的人物塑造就很棒，而且人物设定比较讨喜。结尾放走基德和最初对基德的不信任两者对比起来看十分有趣。
我还没有看过剧场版，一直都看的是连续剧版的
每一部都是经典，每一部我都喜欢
我认为是《业火的向日葵
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