芹菜是雌雄同花，在一朵花内虽然雌蕊、雄蕊都有，但雄蕊先熟，自花受粉几率低。一般是雄蕊花药开裂2～3天后，雌蕊柱头分裂为二，表明已经成熟了，先开的雌蕊接受后开花的雄蕊花粉的机会多，靠蜜蜂、蝇等昆虫进行传粉。雌蕊受精能力一般认为从柱头两分后，可保持10天左右的时间。从受精后40天种子达到生理成熟。超过50天就会枯黄脱落。充分成熟的种子其发芽率在90%以上，667米2产量50～70千克。种株不要带根拔，不然种子中带有泥土，为进一步净种带来困难，可用镰刀齐地面割下，置于土地上晾晒，厚度5厘米，摊得过薄，水泥地温度过高易烫坏种子失去发芽力。晾干后通过敲打振动种子脱落然后扬去干叶簸去秕籽，妥善保藏。
芹菜种子非常小，气味浓，千粒重0.41克，每克种子大约有2500粒。
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