一、性质不同
机动车交通事故责任强制保险属于强制保险，只要车辆上路就必须购买该保险。
第三方责任险属于商业保险，属于自愿购买的险种，保险公司也可以拒保。
二、赔偿的额度不同
机动车交通事故责任强制保险的赔偿额度的固定的；第三方责任险的赔偿额度可以自由调配。
三、免赔的范围不同
机动车交通事故责任强制保险的免赔范围包括：因受害人故意造成的交通事故的损失；被保险人所有的财产及被保险机动车上的财产遭受的损失；因交通事故产生的仲裁或者诉讼费用以及其他相关费用。
而第三方责任险免赔的范围包括无证驾驶、 保险车辆肇事逃逸等等。
参考资料来源：百度百科-第三方责任险
参考资料来源：百度百科-机动车交通事故责任强制保险
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