（1）加强鸭群饲养管理，严格防疫卫生管理制度
要从无大肠杆菌病的种鸭场引进种蛋或雏鸭，要重视种蛋、孵化室和孵化器的熏蒸消毒工作。平时可使用抗生素类药物进行预防，尽力防止寄生虫病、营养代谢病及其他传染病的发生。
（2）接种菌苗
美国一位学者曾选用致病大肠杆菌O78菌株，制成灭活苗，并与鸭疫里氏杆菌苗制成联苗，在鸭场应用，取得良好的免疫效果。
我国科技专业人员选用常见的致病性大肠杆菌血清型菌株，制成多价大肠杆菌灭活苗，经鸭场试用，取得良好的免疫效果。
由于致病性大肠杆菌的血清型复杂，各血清型之间缺乏交叉免疫反应，致使用疫苗来预防大肠杆菌病受到了一定的限制。
大肠杆菌是禽类身体内都会带有的一种病菌，在禽类正常体质的情况下是不会发病的，而当禽类身体出现小问题，或者有感冒等疾病造成免疫力下降的时候就会发病，所以大多数疾病都会伴随大肠杆菌发病。因此，防止大肠杆菌疾病要先提高禽类的自身免疫力，有发现疾病的鸭子第一时间隔离，可以平时使用氟苯尼考进行一个简单的预防措施。
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