槽式堆肥是将堆料混合物放置在长槽式的结构中进行发酵的堆肥方法，槽式堆肥的供氧依靠搅拌机完成，搅拌机沿槽的纵轴移行，在移行过程中搅拌堆料。堆肥槽中堆料深度为1.2～1.5米，堆肥发酵时间为3～5周。
槽式堆肥的优点是：粪便处理量大；发酵周期短；通常在大棚内进行，可对臭气进行收集处理，无大气污染问题。由于槽式堆肥要购置搅拌设备，且搅拌设备的功率较大，因而投资成本和运行费用均高；搅拌设备与堆料接触部分高速旋转易磨损，且与粪便混合物直接接触容易被腐蚀，需要进行维护和更换。
槽式堆肥适用于大批量的粪便堆肥处理。
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