是多个类对应多个表吗？
看你的描述，不像需要用多个数据源对应多个数据库的样子，只需要在一个XML文件中同时配置多个类与表的mapping。
hibernate支持在同一个包内的多个对象的映射，如：
....
....
另外，如果用annotation的话，那么就不需要xml文件了。
至于后面一个问题，即所谓单点登录的问题。
可以参见CAS解决方案（http://www.jasig.org/cas）
用Annotation方式的开发就可以不用写相应的xml文件了~
既然是连个程序 那么就是是两个jvm进程了 只能在连接处硬编码登录另一个程序了
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