黄檗为第三纪孑遗种,多伴生于以红松为主的多种针阔叶林中。黄皮树,分布于暖温带及亚热带山地海拔1000~2000米处,适宜温和湿润的气候环境,以肥沃松软潮湿的腐殖土及砂质壤土为佳。
关黄柏适宜在小兴安岭、完达山、长白山及大兴安岭中南段一带发展。川黄柏适宜在云贵高原东部及其延伸地带,东抵湖北宜昌、枝江及湖南石门、桃源一带;黄檗主要分布于东北小兴安岭南坡、长白山和华北燕山山地北部,最北端可至大兴安岭,在北纬39°~52°范围内。在此区域的北部,垂直分布可达海拔700米,南部可达1500米。黄柏在海拔600~700米外的天然混交林中长势较好,比例占3.75%;在海拔900~1000米处的混交林中所占比例小于0.05%。其在东北林区常零散分布于河谷两侧、山体下部的阔叶林或针阔叶混交林中。秃叶黄皮树分布于秦岭以南的陕西部分地区、湖北、湖南、贵州、四川和广西等地。峨眉黄皮树分布于四川中部以西。云南黄皮树分布于云南东南部。镰刀叶黄皮树分布于云南东北、四川南部凉山。毛叶黄菠萝、胡菠萝均分布于东北的长白山区。此外,四川城口县附近还产有大叶黄柏,亦作黄柏入药。
野生黄皮树生长在四川盆地南部的常绿阔叶林和亚热带常绿阔叶林中,这些地区的山地自然植被多被破坏,群落结构受到人为干扰。海拔1000~1500米的常绿阔叶林中,黄皮树在乔木层并非优势种。野生黄皮树在群落中稀少,频度5%~10%,大凉山局部原始森林中,频度可达30%,可见到约20%尚未开花的幼树,中龄树(树龄6~30年)占约75%,老龄树(树龄30~50年)占5%。