一、概念上的区别
计算机病毒（Computer Virus）是编制者在计算机程序中插入的破坏计算机功能或者数据的代码，能影响计算机使用，能自我复制的一组计算机指令或者程序代码。
木马，全称是“特洛伊木马”，英文为Trojan Horse，来源于古希腊神话《荷马史诗》中的故事《木马屠城记》。而现在所谓的特洛伊木马正是指那些表面上是有用的软件、实际目的却是危害计算机安全并导致严重破坏的计算机程序。
二、性质上的区别
计算机病毒具有传播性、隐蔽性、感染性、潜伏性、可激发性、表现性或破坏性。计算机病毒的生命周期：开发期→传染期→潜伏期→发作期→发现期→消化期→消亡期。
木马是具有欺骗性的文件 ，是一种基于远程控制的黑客工具，具有隐蔽性和非授权性的特点。
三，危害上的区别
病毒可以被设计为通过损坏程序、删除文件或重新格式化硬盘来损坏计算机。而有些病毒不损坏计算机，而只是复制自身，并通过显示文本、视频和音频消息表明它们的存在，但即使是这些“良性”病毒也会给计算机用户带来问题，比如会占据计算机内存。
特洛伊木马不具传染性，它并不能像病毒那样复制自身，也并不"刻意"地去感染其他文件，它主要通过将自身伪装起来，吸引用户下载执行。
特洛伊木马中包含能够在触发时导致数据丢失甚至被窃的恶意代码，要使特洛伊木马传播，必须在计算机上有效地启用这些程序，例如打开电子邮件附件或者将木马捆绑在软件中放到网络吸引人下载执行等。
现在的木马一般主要以窃取用户相关信息为主要目的，相对病毒而言，我们可以简单地说，病毒破坏你的信息，而木马窃取你的信息。
参考资料来源：百度百科-计算机病毒
参考资料来源：百度百科-特洛伊木马