被告不承认写了借条，申请了笔迹鉴定。法官让被告笔迹时，不让原告当场监督，为什么，这程序合法吗？

你好，司法鉴定是严谨的，鉴定机构有自己的法律程序，一般鉴定都不需要申请人到场的，法院的做法并不违法。

被告申请笔迹鉴定，应当由原告在场的情况下亲笔书写姓名，作为鉴定的依据。
没有被告在场确认，这样的鉴定结果很难让原告认可。

民事诉讼中，法院委托进行鉴定，用于司法鉴定的检材需经过当事人确认后才能作为有效的检材。笔迹鉴定，当事人书写的检材不经其他当事人确认，不符合程序要求，不是有效检民事诉讼中，法院委托进行鉴定，用于司法鉴定的检材需经过当事人确认后才能作为有效的检材。笔迹鉴定，当事人书写的检材不经其他当事人确认，不符合程序要求，不是有效检材民事诉讼中，法院委托进行鉴定，用于司法鉴定的检材需经过当事人确认后才能作为有效的检材。笔迹鉴定，当事人书写的检材不经其他当事人确认，不符合程序要求，不是有效检材

如果被告不承认借条该咋办呢？

法院开庭了以后，原告有欠条，被告不承认，让被告做笔迹鉴定，被告不出庭法院可以缺席判决。
按照谁主张谁举证的原则，应当由被告申请进行司法鉴定，如果没有申请司法鉴定，并且出具鉴定费就等于放弃申请鉴定。谁主张谁举证就是当事人对自己提出的主张提供证据并加以证明。是一种举证责任的通俗化说法，便于非法律专业人士理解。一般在民事诉讼中较多采用。
《民事诉讼法》第一百四十四条　被告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，可以缺席判决。