自万历初年开始的张居正改革，首先是从整顿吏治开始的。他认为当时朝野政治腐败、民不聊生的主要原因在于“吏治不清”。为了整顿吏治，以达到为官清廉，治政清平，让人民生活安定，从而使封建政权长治久安的目的，张居正于万历元年（1573）推行“考成法”。
其主要内容是加强内阁的行政和监察责任，提高吏、户、礼、兵、刑、工六科的监察职能。六科是对吏、户、礼、兵、刑、工六部百司相应而设的监察机构，张居正以六科督促六部，以六部督促诸司以及地方抚、按，最后再由内阁直接控制六科，掌握对各级官吏的监察大权。考成法还对六部、都察院等具体行政衙门实施随时考核、事事责成的稽查制度等。
这一严密而完整的考成系统，将宦官统率六科、稽查章奏权移交内阁，从而在一定程度上减少了宦官干政的可能，极大地提高了内阁的权威，使权力集中于首辅，从而加强了号令天下的中央集权。考成法提高了办事效率，减少了各部门的相互推诿、扯皮，为精简机构、节省政府开支提供了可能。
稍后，张居正便下令裁减部院诸司冗官和各省司、府、州、县官，以提高官吏的素质和行政效率。这些，都为此后张居正推行的各项改革奠定了基础。通过整顿吏治和精简机构，张居正获得了一个效率较高、得心应手的行政班子，为推动经济改革作了思想上和组织上的准备。
在整顿吏治的过程中，张居正对嘉靖、隆庆时期行贿受贿、贪污腐败的社会状况深恶痛绝。因此，他担任首辅之后就果断采取措施，整治腐败，决心扭转政风士习，令出必行，有功必赏，有罪必罚，以重振往日的辉煌。
自嘉靖以来，当国者政以贿成，贪污数额之巨，令人触目惊心。严嵩素有“钱痨”之称，被抄出的家产竟有黄金三万余两，白银二百余万两；素有廉能之誉的徐阶，他拥有的金银虽无确载，但从其占田达四十余万亩来看，可知其贪污积贿亦相当可观。
“上有所好，下必甚焉”，在权臣显贵的影响下，大小官吏以官爵为性命，以钻刺为风俗，以贿赂为交际，就连以惩贪为己任的监察机关也日益腐败，御史出巡往往利用职权，贪赃枉法，中饱私囊，而对于逢迎之徒，即使赃贿狼藉，鱼肉百姓，也毫不过问。
张居正对政治腐败的危害性有着清醒的认识。他说，人民的逃亡和反抗“并非老百姓喜欢犯上作乱”，而是“本于吏治不清，贪官为害”。
大小贪官视朝廷明诏法令如故纸，政令难行。更有甚者，“收受祸国者的贿赂，纵放祸国者而不加以拘捕……”因而他认为：“治国之道，没有什么比安顿民生更为紧迫的；而安顿民生之第一要务，在于整顿吏治”，惩治腐败乃是改革政治和整顿吏治的关键。有鉴于政治腐败的危害性，张居正惩治腐败的主张在其独柄国政后得以在各方面付诸实践，并贯穿于改革的始终。
驿政和赋役是明中后期财政上最大的弊政，也是贪吏作弊的渊薮。驿递是专为公务活动服务的官方交通机构。嘉靖、隆庆年间，主管部门又乱发勘合，以作人情，用驿者不仅巧立名目，强行勒索，还受商人之贿，大量夹带私货，致使百姓负担加重。
针对这种情况，张居正一面重申旧禁，一面制定相关的规章，严加稽查，加强管理，官员非奉公差不许轻扰驿递，违者参究，内外各官丁忧、起复、升转、改调、到任等项，均不得动用驿传，以厘革驿递冗费之弊。在赋役征收方面，手续复杂，奸诡丛生，从而使侵渔盘剥的贪吏钻了空子。张居正推行一条鞭法，大大简化了赋役项目，在一定程度上制约了赃官暴吏的贪污行为。
对官员廉贪的考察是明代考课制度的一项重要内容，并且位于考项之首。而明中叶以后，考语和举劾严重失实，使考察逐渐失去激浊扬清的作用。张居正为此提出：吏部、都察院监督抚按，抚按的考语失实，则以“不称职”予以处罚；内阁、六科监督吏部、都察院，发现考语失实，同样以“不称职”处罚。
这样层层负责，层层监督，各相关部门不敢以虚伪的方式蒙骗上级。万历二年（1574），在张居正的建议下，明朝在文华殿设内外职官书屏，列天下中高级文武官吏，每官一帖，十日一换，尽可能如实反映其任职情况，便于皇上和内阁直接了解、监督官吏。
张居正改革（又称万历中兴），是在明神宗时期，内阁首辅张居正为挽救明王朝、缓和社会矛盾，在政治、经济、国防等各方面进行的一场变法革新运动。
「张居正改革」，整顿了吏治，巩固了边防，国家财政收入也有明显的好转。改革触动了大地主阶级和豪门贵族的根本利益。张居正病卒后，除一条鞭法外的措施都遭到废除，改革最终以失败而告终。
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