1、个人所得税由公司代扣代缴是个人所得税法的规定，公司代扣代缴义务是法定的，这个你不用质疑。公司在代扣代缴个人所得税过程中，如果发生遗漏或者计算错误，可以向职工提出更正，并履行代扣代缴义务。
2、除年终一次性奖金外，日常的奖金是工资的组成部分，要并入当月工资收入总额计算缴纳个人所得税，如果公司发生遗漏，那事后补扣也是合理合法的，如果你有怀疑，可以向公司所在区地方税务局查询，也可以凭个人身份证去地税局打印个人所得税完税明细。
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