药店和诊所主要有几方面区别：1、药店属于药品零售企业，应符合相应条件取得食品药品监督管理部门核发的《药品经营许可证》；诊所属于医疗机构，应取得卫生部门核发的《医疗机构执业许可证》。2、诊所可由具有处方权的医师开具处方，提供诊疗服务。药店只能凭处方(非处方药可不凭处方)进行药品销售和提供用药咨询服务。3、药店里的从业人员都是执业药师、药师和其他资质的药学人员；诊所里的从业人员主要是执业医师、执业助理医师、护士等，设有药房的还需要药学资质的人员，可凭本诊所医师处方进行药品调配。
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