在培养料堆制发酵过程中，堆料底部往往含水量较大，温度低，易生蛆虫。这些蛆虫的幼虫或卵多由粪肥带进，因此，在堆料前须先将粪肥预混、捣碎。堆料生了蛆虫，可在翻堆时用敌敌畏100倍液喷洒，并将带有蛆虫的料堆到料堆中部。翻堆后用薄膜覆盖熏闷2天，即可借助堆肥发酵时产生的高温和敌敌畏的熏蒸作用杀死他们的蛹、幼虫与卵。
在培养料堆制发酵过程中，有时料堆周围会长出一些小杂菇，多为鬼伞。发现有小杂菇，应立即连根拔掉，集中处理。如不及时除掉，混在培养料中进了菇房，以后就会与蘑菇菌丝争夺养分。外层长过杂菇的培养料，在翻堆时取出另放，经调好水分后，在重新建堆时堆到中部，利用堆温杀灭杂菇的菌丝和子实体。
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