一栋六层两个单元楼顶是互通，我要问的是六楼住户未经允许在5到6楼间另外加装铁门，这个违反消防法吗？

这个在《 建筑设计防火规范》GB50016 --2006里第5.3.11条第二点提到“居住建筑的楼梯间宜通至屋顶，通向平屋面的门或窗应向外开启。”显然，通向屋顶的出口，被视作为第二安全出口，根据《消防法》
第六十条
单位违反本法规定，有下列行为之一的，责令改正，处五千元以上五万元以下罚款：
（一）消防设施、器材或者消防安全标志的配置、设置不符合国家标准、行业标准，或者未保持完好有效的；
（二）损坏、挪用或者擅自拆除、停用消防设施、器材的；
（三）占用、堵塞、封闭疏散通道、安全出口或者有其他妨碍安全疏散行为的；
（四）埋压、圈占、遮挡消火栓或者占用防火间距的；
（五）占用、堵塞、封闭消防车通道，妨碍消防车通行的；
（六）人员密集场所在门窗上设置影响逃生和灭火救援的障碍物的；
（七）对火灾隐患经公安机关消防机构通知后不及时采取措施消除的。
个人有前款第二项、第三项、第四项、第五项行为之一的，处警告或者五百元以下罚款。
有本条第一款第三项、第四项、第五项、第六项行为，经责令改正拒不改正的，强制执行，所需费用由违法行为人承担。
（很明示你所描述的六楼住户行为已违反《消防法》第六十条第三点规定，处警告或者五百元以下罚款，具体事宜可向当地公安机关消防机构咨询或举报。楼顶加盖房间属于违章搭建，这要找城管来处理。)