根据上述职责，省海洋与渔业局设9个内设机构：
（一）办公室（政策法规处）。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作；组织海洋战略研究；起草有关地方性法规、规章草案和政策措施，承办有关规范性文件的合法性审核和规章、规范性文件评估工作；承担行政执法监督、行政复议和行政应诉工作。
（二）计划财务处。
负责机关和指导监督直属单位的财务、国有资产、政府采购工作；编报部门预算并组织执行；拟订并监督实施海洋与渔业中长期发展规划；指导并组织渔港规划和建设；承办海洋与渔业基础设施、产业发展、业务管理系统等项目的有关工作；承担海洋与渔业统计、产业信息工作。
（三）海洋综合开发协调处。
协调相关海洋事务，指导海洋开发活动；参与海洋基础地理信息和综合调查；拟订并监督实施海洋功能区划、海洋主体功能区和海岛保护与开发利用等规划；承担海岸带开发利用和保护的有关工作；承担报国家审批重大用海项目的协调工作；组织海洋经济运行监测、评估和信息发布；承担省海洋工作领导小组的日常工作。
（四）海域与海岛管理处。
拟订海域使用和海岛保护技术规范；组织海域界线、海岸线勘定和管理；实施海域使用证制度和海域有偿使用制度；审核海域使用项目，承担海域使用权属管理及海上人工构筑物管理工作；承担无居民海岛开发、保护和管理工作；组织海域、海岛使用论证评估；审核并监督海底电缆、管道铺设及海上人工构筑物设置；指导海域使用权流转和海域使用动态监视监测体系建设。
（五）资源环境管理处（与海洋预报减灾处合署）。
拟订并组织实施海洋与渔业环境保护与整治规划，组织海洋与渔业资源环境的监测、监视、评价和信息发布；承担海洋与渔业生态环境的保护修复；拟订并组织实施重点海域排污总量控制制度，监督海洋倾废、陆源污染物排海；承担海洋工程建设项目对海洋与渔业环境污染和生态损害的防治工作；承办海洋与渔业水域污染事故调查处理和国家索赔工作；组织水生生物资源养护、增殖放流、人工鱼礁建设，监督管理水生野生动植物及外来水生生物物种安全；承担海洋观测、预报和评价的管理工作；指导监测、评估海洋灾情和海洋防灾减灾工作；组织海洋防灾减灾系统建设；拟订并组织实施海洋与渔业应急预案；指导渔业安全生产工作。
（六）渔业与远洋捕捞处。
组织落实渔业和渔区发展政策措施；承担水产养殖、捕捞渔业管理工作；承担渔场渔汛信息发布和渔具渔法的监督管理工作；指导渔业产业结构、作业布局调整和渔业健康养殖；组织实施伏季休渔制度、捕捞许可制度、养殖证制度和种苗生产许可证制度；承担远洋渔业管理工作，指导、协调开发外海和远洋渔业工作，参与涉外渔业事件处理；指导、扶持渔业社会化服务体系和渔区合作经济组织、渔民专业合作组织。
（七）水产品质量安全监管处。
承担初级水产品生产环节质量安全、渔业投入品使用和转基因水产品生产的监督管理工作；依法组织开展水产品质量安全检验监测、风险评估和信息发布，指导水产品质量监督体系建设；依法拟订并组织实施渔业标准，指导渔业标准化生产、渔业机械化、水产品加工流通；组织实施水产品产地认定和产品溯源制度。
（八）科技与交流合作处。
拟订并组织实施海洋与渔业科技发展规划；组织海洋与渔业科学技术的研究、引进、转化和成果管理；组织实施海洋与渔业领域节能减排、海水利用、海洋可再生能源研发应用；承担海洋与渔业科技创新体系建设工作；开展海洋与渔业方面的对外交流与合作；监督管理水产种苗引进。
（九）人事处（与直属机关党委办公室、离退休人员服务处合署）。
负责机关和指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、党群和离退休人员服务等工作。
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