教会在埃塞俄比亚是最大的封建主，是造成国家长期分裂的一大因素。西奥多二世对教会也采取了一些改革措施。他颁布法令，收回了一部分教会占有的土地，对其余的土地也同样征收捐税。后来，又规定了教堂最多拥有的土地数量，超过者予以没收。为了进一步削弱教会势力，实行了国教政策，维护基督教惟一真神教派的正统地位，努力清除犹太教和伊斯兰教。
