按单位规章制度处理就可以了，处理文件让领导签字，批准权限不是你而是领导，得罪人的也应该是领导而不是你，如果领导连这一点担当的精神都没有，那就引咎辞职吧，因为这样的领导根本不配做领导。
按领导说的办（先向同事讲明考勤制度）！
