华润三九主要从事医药产品的研发、生产、销售及相关健康服务。
随着华润集团对医药行业（战略业务单元：华润医药集团有限公司）的梳理与并购，华润三九不断有新的品种加入。2013年上半年来看，现有产品较丰富，OTC业务覆盖了感冒用药、皮肤用药、胃肠用药等近10个子领域。处方药品种覆盖了抗肿瘤及心血管等治疗领域。公司拥有年销售额过亿元的品种13个，其中，999感冒灵系列销量连续五年位居感冒药市场第一；三九胃泰和999皮炎平也分别位居OTC胃药和皮肤药的前列；止咳化痰品类中999强力枇杷露在2012年度非处方药产品排名情况统计的中成药类别的感冒咳嗽类中居第5位。
“999”品牌是中国驰名商标。是中国人心目中的知名品牌，其产品市场占有率也较高。
2012年，华润三九实现营业收入68.91亿元，实现归属于母公司所有者的净利润（归属于上市公司股东的净利润）10.14亿元，经营活动产生的现金流量净额12.12亿元。截至2012年底，公司总资产为86亿元。
与之对应的是：
当前，华润三九总市值为180亿元，稳定保持在医药行业上市公司前列。上市公司及所属多家生产制造单元为国家高新技术企业。华润三九先后获评“2008年度中国上市公司百强金牛奖” 、“2008年度中国上市公司价值百强” 、2009年中国制药工业百强” 、“2010年度中国最具竞争力医药上市公司20强”等荣誉。2011年，在中国中药协会发布首批中药行业信用评价结果，华润三九获评AAA级中药企业信用荣誉，荣列排行榜榜首。
经过20多年不懈努力，尤其是2007年并入华润集团以来，华润三九逐步发展成为国内大型医药类上市公司。
2012年，由世界第二大传播服务集团WPP发布的《2012中国最具价值品牌TOP50强榜单》中，“999”品牌再度入选其中。此次共有“999” 、云南白药、同仁堂3个医药品牌入选。
位于深圳市宝安区观澜高新技术产业园区内的“华润三九医药工业园”，于2008年5月8日正式建成投产，一期工程占地11万平方米，建有颗粒剂、乳膏剂、丸剂等多个生产车间和全自动化高架立体仓库。2012年，二期工程全部建成，华润三九总部及研发事业部、销售公司等多个部门由原北环大道北侧，搬至观澜基地（工业园区内）。
华润三九完善董事会构成，董事会核心作用逐步强化。公司董事会成员中已设立独立董事、外部董事。
董事会设立了审计委员会和薪酬与考核委员会，并正在设立“战略与投资委员会”。专业委员会在员工中长期激励、内部审计工作的开展等方面发挥了积极作用；公司董事会将日常经营管理权限授予经理层，对于投资等重大事项则由董事会或股东大会进行决策，充分发挥董事会在经营决策中的核心职能。
2009年6月，华润三九启动风险管理项目，对公司及下属企业关键业务流程的风险管理（内控）体系进行全面梳理，对公司风险进行排查与防控。公司通过构建全面风险管理体系，进一步提高公司规范治理水平。
华润三九引入6S战略管理体系，不断完善预算管理，制定了全面预算管理体系，以战略为导向、业务战略为基础，对经营、资本支出、财务等预算进行全面管理，较好的控制了成本，提高了资金使用效率。
为了进一步提升企业的核心竞争力，华润三九不断聚集主业。
一是做减法。华润三九战略定位清晰后，进一步聚焦主业，自2008年起，先后剥离了房地产、食品、医药分销、零售等非主营业务；
二是做加法。通过外延式并购不断提高主业份额，先后收购了黄石、南昌、淮北等地的医药企业；2011年在集团推动下，整合了北药集团的天然药事业部。公司医药制造业务在营业收入构成的比例从2008年的57%提高到2011年的86%。2011年5月6日，华润三九医药股份有限公司与中国中医科学院在北京签署了合作意向书，双方就共建产业化生产基地和共同合作兴建医疗机构达成合作意向：由华润三九整合北京华神制药有限公司和中国中医科学院实验药厂，在北京新设公司，华润三九拟出资1.5亿元以上，持有新公司55%股权，华润三九出资主要用于在大兴工业园区兴建产业化生产基地。
2011－2015年的战略规划提示：决心通过五年的努力，成为OTC市场的引领者、中药处方药市场的创新者，市场份额跻身中国制药行业前列。
华润三九的使命、愿景及核心价值观：公司倡导“关爱、责任、卓越”的企业核心价值观，关爱大众健康，履行社会责任，追求卓越绩效，专注药品制造，打造信赖品牌，把华润三九建设成股东价值和员工价值最大化的上市公司。
公司系根据中华人民共和国有关法律的规定，于1999年3月2日经原国家经济贸易管理委员会国经贸企改[1999]134号文件批准，由深圳三九药业有限公司、三九企业集团（深圳南方制药厂)、深圳九先生物工程有限公司、深圳市先达明物业管理有限公司和惠州市壬星工贸有限公司作为发起人，以发起方式设立的股份有限公司。 本公司经中国证券监督管理委员会以证监发行字[1999]142号文批准,于1999年11月发行人民币普通股20,000万股，并于2000年3月9日在深圳证券交易所正式上市交易。 2009 年，公司中文名称由“三九医药股份有限公司”变更为“华润三九医药股份有限公司”；英文名称由“Sanjiu Medical & Pharmaceutical Co., Ltd.”变更为“China Resources Sanjiu Medical & Pharmaceutical Co., Ltd.”。股票简称由“三九医药”变更为“华润三九”。 2010 年2 月11 日，经深圳市市场监督管理局核准，公司名称正式变更为“华润三九医药股份有限公司”。 经公司申请，并经深圳证券交易所核准，自2010 年2 月24 日起，公司证券简称由“三九医药”变更为“华润三九”；英文简称变更为“CR Sanjiu”。 公司上市时经营范围为：药品、保健品、医疗器械的开发、生产、销售；相关技术开发、转让、服务；医疗、保健服务。
2001年，经公司2001年第一次临时股东大会审议通过，公司经营范围变更为：药品的开发、生产、销售；相关技术开发、转让、服务；生产所需的机械设备和原材料的进口业务；自产产品的出口（国家限定公司经营或禁止进出口的商品及技术除外）。
通俗点讲，主要从事医药产品的研发、生产、销售及相关健康服务。公司以OTC（非处方药）、中药处方药、免煎中药、抗生素及普药为四大制药业务模块，辅以包装印刷、医疗服务等相关业务。 三九医药股份有限公司系根据中华人民共和国有关法律的规定，于1999 年3 月2 日经原国家经济贸易管理委员会国经贸企改[1999]134号文件批准，由深圳三九药业有限公司(以下简称“三九药业”)为主要发起人、三九企业集团(深圳南方制药厂)(以下简称“三九集团”)、深圳九先生物工程有限公司、深圳市先达明物业管理有限公司和惠州市壬星工贸有限公司作为发起人，以发起方式设立的股份有限公司。
并于1999年4月21日在国家工商行政管理局注册登记,领取企业法人营业执照。本公司成立时注册资本为人民币55,300 万元。 本公司经中国证券监督管理委员会以证监发行字[1999]142 号文批准,于1999年11月发行人民币普通股20,000 万股,并于2000 年3 月9 日在深圳证券交易所正式上市交易,发行后本公司注册资本为人民币75,300 万元。 本公司于2003 年6 月11 日实施2002 年度股东大会审议通过的用资本公积金每10股转增3 股的方案,注册资本增加了人民币22,590 万元。
截止2007 年12 月31 日,本公司总股本97,890万股,但增资的工商登记变更手续尚未办理完毕。 本公司设立了股东大会、董事会和监事会。 公司上市时，深圳三九药业有限公司持有公司62.72%的股份，为公司控股股东。
2008 年4月16日、2008年6月16日国务院国有资产监督管理委员会、商务部分别批准将三九企业集团所持有的本公司84,462,520股国有法人股股份及深圳三九药业有限公司所持有的本公司613,937,480股国有法人股股份的持股主体统一变更为新三九控股有限公司(现已更名为华润医药控股有限公司)。
2008年11月27日，公司控股股东变更为华润医药控股有限公司。 华润三九医药工业园：位于深圳市宝安区观澜高新技术产业园区内，于2008年5月8日正式建成投产位，一期占地11万平方米，建有颗粒剂、乳膏剂、丸剂等多个现代化生产车间和全自动化高架立体仓库，集研发、生产及物流配送为一体，是国内大型的中药产业基地。
华润三九医药工业园的建成，全方位推进了上市公司中药现代化改造、新产品开发、生产能力扩大、产品质量提升。二期工程已于2012年完工，公司的其他相关医药生产及配套设施全部迁入。现办公地点也由深圳市福田区迁至深圳市龙华新区。
面向未来，华润三九确立了发展战略，即以品牌OTC为核心业务，以中药处方药、免煎中药为快速增长的重点业务，整合抗生素及普药业务，进入第三终端。在发展大品种的基础上，通过对外并购、购买、开发等途径，不断丰富产品种类，逐步实施品类规划，扩大业务规模。以品牌运作和渠道掌控能力为核心优势，加大研发投入和技术改造，提升产品功能和质量，形成以营销带动研发和生产的持续增长的价值创造体系。
为了确保战略目标的实现，公司正在建立以业务模块为分析和管理单元，营销、生产、研发、资金管理和品牌管理高度集中的运营体系。
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