基本没有什么区别，商户存根上面，多了一个持卡人签名。别的就没有什么了。原则上来说，对持卡人没有什么影响，对商户的银行也不大，商户存根只是为了以防万一（如对账之类的），银行要求商户必须保留存根。如果是在一般的个体商户，那就没事，如果是在大型的商场超市，收银员可能会受到一点处罚。看各家的规定了。
