水面舰艇怎么防御来袭的反舰导弹的？

不是这么理解的。
防御反舰导弹首先要做到侦察到地方的发射平台，然后对该平台实施打击和干扰，防患于未然。
一旦有漏网之鱼，或者没有侦察到，在远距离上使用远程导弹拦截（如“标准”系列）和干扰；如果远程拦截失败，那么转入进程拦截，使用“密集阵”系统与进程导弹拦截（如“RAM”系统）和干扰，如果在失败了，那就剩下自救了，或者弃船。
美国的国家/战区导弹防御系统和宙斯盾系统并不完全一样，NTMD的拦截性质好比子弹打子弹，所以拦截成功率低；舰载宙斯盾系统的功能就多了很多，拦截弹道导弹只是宙斯盾系统最近的附加能力，宙斯盾系统主要还是作为拦截飞机和反舰导弹的，而且拦截反舰导弹并没有拦截弹道导弹那么困难，成功率高得多。

水面舰艇防御反舰导弹，可以分为软硬两种手段，软的比如对导弹进行电子干扰，使其传感器无法对舰艇有效锁定，也可以发生干扰弹，在舰艇附近水面产生一个假目标，以迷惑欺骗导弹攻击假目标，舰艇本身可能还要进行一些机动来规避导到。硬杀伤则包括可以使用防空反导导弹，速射炮等等对导弹进行物理攻击。
防御反舰导弹的成功有赖于很多方面，比如对来袭导弹的早期预警、对敌导弹性能的充分研究，还有高素质的指挥作战人员来使用这些手段。有兴趣可以看看历次中东战争中有关以色列的海军的战例。
总之，防御导弹是要各种手段综合运用，不是单靠某个武器就可以的。

舰上的雷达发现有导弹来袭，可以发射导弹拦截，导弹拦截失败那就用火炮拦截，军舰上有近防炮，比如美军有密集阵，我们也有730近防炮系统。

导弹拦截导弹就好像是子弹打子弹那样，成功率不是很高的。