离子液体最大最明显的缺点是很容易吸收空气中的水分，即使是疏水性的离子液体（如bmimpf6）也能强烈的吸收空气中的水分，吸水后有些离子液体会与水发生反应（如bmic），那些不发生反应的离子液体其性能（如电化学窗口宽，热稳定性）也会因吸水而大大降低。因此只能在惰性气体环境下进行实验，同时也大大降低了其实际应用能力。除去价格高，还有一个问题就是你花钱也买不到纯度很理想的离子液体（受制备过程所限），而一旦混有杂质，很容易影响其性能。至于粘度，大部分离子液体粘度较大，只能算个特点吧，不应说成缺点。
易于受到电场磁场影响
造成离子化污染
不过离子化的东西一般电荷度不大
所以，缺点很少被提到
价格贵，粘度大，还有制备过程不成熟，有些离子液体例如BMIMOH80度就分解，没有说的那么稳定！
价格贵，high viscosity， unknown toxicity，moisture/air sensitive，
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