北京儿童医院设备先进、设施完善、技术力量雄厚，科室齐全，设有呼吸科、泌尿外科、重症医学科、血液肿瘤中心等35个临床和医技科室。医院拥有国家呼吸系统疾病临床医学研究中心，儿科重症、小儿呼吸、中西医结合儿科、小儿外科和临床护理等5个国家临床重点专科建设项目，还拥有儿童白血病分子分型、小儿耳鼻咽喉头颈外科、儿科呼吸感染等3个北京市重点实验室，北京市儿童外科矫形支具工程技术研究中心以及小儿先天性心脏病治疗中心、小儿实体瘤治疗中心、儿童睡眠疾病中心等1 6个市级医疗中心。在小儿复杂先心病的手术治疗、各类脊柱畸形的矫正、小儿泌尿畸形矫正、腹胸腔镜治疗、急腹症及创伤治疗以及
神经、呼吸、内分泌、肾病、血液透析、耳鼻喉、纤维支气管镜、影像技术等专业疾病的诊断治疗及诊疗设备居国内领先地位，并率先在国内将儿科就诊年龄扩大到18岁。
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