386是截至到GBA以前所有版本中宠物的种类有386种，理论上一些宠物需要通讯交换、到日本参加活动等途径获得。 386版就是经过修改的rom,把交换进化更换成升级进化、亲密度进化、进化石进化等形式，把参加活动的获得神兽的方式变成地图上可以重复遇到捕捉（不通过金手指）。 386版本的另一特色就是修改了商店物品（宝石版），使玩家可以方便的购买到各种进化石等原版本买不到的物品，大大增强了游戏发展的流畅性 目前，宝石版、火红叶绿版都有386的修改版 除了386版，还有一些修改达人制作了其他独特的版本，如宝石超级版，初始精灵是陆基亚、迪奥西斯和超梦；宝石特别版，出现了原本只可能在NDS上出现的鲁卡里奥（实际上是用灾兽的数据改的） 绿宝石和红宝石的区别：剧情上结合了红宝石和蓝宝石的神兽剧情，并出现了第三神兽天空龙；暴机后可以捕捉三神兽（剧情中的）；暴机后有更多的战斗设施可挑战；增加了几种宠物特性，如加速孵蛋的熔岩盔甲等；一些宠物加入了新的战斗技能。
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