丢失的增值税专用发票，不能冲红处理，应该按照《关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》处理。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(附件1、2，以下统称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证；
如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
根据《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》第二十八条 规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
由于在寄出的途中丢失了，应当属于丢失前未认证增值税专用发票，因此，购买方（客户）凭销售方（贵公司）提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方（贵公司)所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方(客户）主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
你的情况和上述情况不符。是销售发票退回丢失，我认为，你可以让购货方出据此发票退回证明及购货方税务局出具的《丢失增值税专用发票未认证证明》、发票记账联到当地税务局申请红字冲销。
没有记账联、抵扣联、发票联的发票是不能作废也不能冲红，也就是要作废只有把记账联、抵扣联、发票联齐全之后才能作废的;不然被税务局查到的话会被处罚的。
这个最好是咨询主管税务机关，问问增值税发票丢失后应该怎么处理，以免给公司造成不必要的麻烦来。
根据《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第69号)、《国家税务总局关于开展鉴证咨询业增值税小规模纳税人自开增值税专用发票试点工作有关事项的公告》(国家税务总局公告2017年第4号)、《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》(国家税务总局公告2017年第11号 )， 符合条件的住宿业、鉴证咨询业,建筑业小规模纳税人可以自行开具增值税专用发票!
增值税专用发票作废或冲红，其主要区别在于，发票作废只能在发票开具的当月进行，如果当月因其他原因进行过开票系统的抄报税操作，已开具的发票也无法作废。
(一)发票作废
在开具增值税专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。
(二)发票冲红
增值税专用发票开具后，如发生销货退回、开票有误、应税服务中止以及发票抵扣联、发票联均无法认证等情形但不符合作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，可以开具红字专用发票。
开具红字增值税专用发票的操作流程和其他发票差异较大，在这里和大家重点讲解一下。
要红冲的专用发票遗失由会计学堂整理，从发票作废或冲红说起，有关发票在企业发生销货退回等皆可作废，而冲红呢，欢迎咨询有关方面的知识。
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