辣椒种子消毒适用的杀真菌药剂种类比较多，一般生产上所用的杀菌农药均可用来灭杀种子上的病菌，但不同农药间的杀菌范围有所差异，一种农药往往只对某一种或几种病菌的灭杀效果较好，而对其他病菌的灭杀效果却不明显。消灭真菌类病菌生产上一般多选用灭菌范围较广的农药对种子进行全面的消毒，主要有硫酸铜、多菌灵、百菌清和甲基托布津等。消灭病原细菌主要选用农用链霉素、新植霉素等，也可用高锰酸钾、盐酸等对种子进行消毒处理。
