有标记基因不一定有目的基因，但是在分子学操作中，为了检测目标质粒是否转染入目的细胞中，便在质粒上插入了可以检测的基因，比如荧光基因、某些酶类的基因等等。目前的质粒和工具细胞经过一定的改造，使得重组频率降低（不需要重组的时候），且在筛选克隆时挑取的是单克隆，这样，转染入细胞的质粒基本还是目标质粒，检测到标记基因的表达，就可以认为是将目的基因导入了受体细胞。
