主单与分单的区别如下：
一、对应对象不同
主单都是对于各个代理来说的。分单是实际的收货人和发货人，所以一般给客户都是分单，主单对于客户来说根本就没有意义，都是代理，即使客户拿到主单也不知道货物的归属。
二、收发货物人不同
主单上的发货人是货代人，收货人是这个货代在海外的合作代理。
分单上的发货人是自己，收货人是海外客户。
三、签发单位不同
主单是船运公司签发的，小单是货代公司签发的。货代公司每接一个客户的货都会签发一个小单给货主。然后货代将多个小单的货物拼成一票，交给船运公司，对船运公司来说，只接了货代的一票货，所以船运公司就签发一个主单给货代公司。
参考资料来源：百度百科-海运单
主单，MASTER BILL OF LADING ，由船公司出具，提货可以直接在目的港船公司代理处提货。
分单（小单），HOUSE BILL OF LADING，货代可以出，提货时在目的港要换单，换成船公司的才能提货。 因为小提单提货要产生换单费，用HOUSE单不能直接提货的，只有换成船公司主单才能提货，所以一般进口商不愿意接受小提单，尤其是不用自已的指定货代的情况下。
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