生物信息学perl程序，求助。

　　老实说我也不是很明白，我之前的一段程序也是：只做1个的时候，就可以。一旦大批量的文件IO了，就挂掉了……而且我里面也是要用system来打开一个外部线程的。所以看到你这个我觉得真心虎躯一震，菊花一紧啊……

1. 不过既然你的“my $system_check=system("$bl2seq -i $seq1 -j $seq2 -p blastn -F F -o $tempoutput -g T");”这句都已经取得返回值了，为什么不检查一下$system_check的值是不是0这个正常返回值呢？

2. 话说NCBI是不是不提倡用bl2seq了？还是我的记忆牙碜了？

3. 看困锋着这段程序的样子，貌似你不是让基因rps-0,B0393.1中的Exon12和Intron1比塌尺差对，Exon34和Intron2比对；同理基因rps-2也是Exon12和Intron1比对吧？而是基因rps-0,B0393.1中的Exon12和它自己的Intron们加上基因rps-2的intron1比对吧，团皮然后其他的外显子也是一样的……你这里是不是得调整成只让它的文件1里面只有一个exon的而且文件2里面只有对应的intron的时候才行啊？

    

    

   我觉得这个要是调整起来就大发了……你加油吧……

代码没问题，把这茄察段代码写成函数，将$seq1, $seq2, $output设置成参数，用一个循环激纳型往里面传参数明猜就行了