两种说法都有，在语义上没有本质的区别，都是“不奇怪吗？”的意思。
如果硬说区别的话，可能在语气上有微小的差异：
「おかしいじゃない？」有种自己拿不定主意，但是更倾向于“觉得奇怪”，征求对方看法的语气。
「おかしくない？」一般说出来有种自己已经确认是奇怪的，或者是不对的，要说服或让对方肯定确实“奇怪”的语气在里面。
应该是：おかしいじゃない?
「じゃない?」表示对于自己的判断征求对方同意或者反问、反驳。它接在体言、形容动词词干、动词和形容词的终止形后，句末用降调或升调。
表示否定的じゃない用在疑问句里，负负得正，类似于中文的双重否定等于肯定。所以这里表达出说话人就是这么想的，但是以日本人一贯的暧昧情绪，所以就想以疑问的方式提出来，委婉表达出希望对方能够肯定的希望。
如：
世界で一番高いじゃない？
不是世界第一高吗？
それはあなたが探しているものじゃない？
这不是你找的东西吗？
おかしいじゃない? 是不是很奇怪吗？
おかしくない? 是不奇怪吗？
前一个比较强烈，并且偏口语
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