你可以考虑以下几方面：
1）初步确定你的发酵液中的活性成份的性质，HPLC显示都是极性非常强只是说明它的水溶性很好，不足以判断它的性质；你可以查阅质料，看一下相关的菌种产生的活性物质的种类，然后设计相关的实验来进行初步验证，比如抗生素能产生抑菌圈，蛋白酶能水解蛋白质底物形成透明圈等相关实验；
2）根据活性成分的性质来设计分离纯化的方法；
3）发酵液的预处理，首先要过滤除去菌体等发酵液中不能溶解的杂质，如果产生色素的话最后先去除色素，以免干扰后面的分离过程；同时要根据活性成分成分的性质对活性成分进行一定的浓缩处理，再根据你要用的柱子来进行必要的处理，比如透析出盐等，同时要注意在预处理的过程中尽量保持活性成分的活性。
离心去菌体后，你可以先用各种有机溶剂如甲醇、氯仿等进行萃取，检查萃取液与沉淀物质的活性，确定你的活性成分的大致性质；也可以先用盐析的方法，用硫酸氨等进行盐析，测试活性。这些工作完了以后，可以过开放柱进行初步的纯化，收集活性物组分。有必要的话，上低压色谱柱或是高压色谱。收集活性峰，一般经过高效液相色谱后，就比较纯了。
如果活性物质极性很强，那你就需要换一根可以分离极性物质的柱子，好像C18或是凝胶柱。
发酵液的预处理和固液分离
根据活性物质的许可范围，可以采取酸化、加热、过滤、絮凝、离心等。
提取(分离浓缩)
经常采用的方法有化学萃取、树脂吸附、沉淀等。
精制(纯化)
常采用的方法有结晶、脱色、色谱层析等。
此外在提取步骤中应用的沉淀、吸附等方法也可用于样品的纯化。
提取方法的选择
1.产品的基本理化性能，如化学结构、化合物的溶解度、极性、pK值、官能团反映等。
2.化合物的稳定性，如耐受的pH范围、耐受的温度条件、光照、氧化等。
此外，在分离纯化过程中值得提及的是，尽可能地避免二次污染。如分离纯化过程中使用的水要求去离子，有机溶剂要求高纯级，使用的树脂应该经过预处理除去其中残留的杂质等。
Hplc纯化时可试试调节pH值，适当降低乙腈或甲醇的量
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