食用菌的遗传稳定性是相对的，其变异性是绝对的，尤其退化性变异的大量存在，往往使一个优良的菌种，衰退转化成为劣质的菌种，这是菌株的遗传物质发生了可遗传变化的结果。虽然食用菌菌种在适宜的环境条件下可以贮藏较长时间，但是，许多常规的保存方法可能会引起菌株衰退，不当的非专业性的设施、设备和技术操作也常引起菌种的退化和老化。在生产中表现为：
（1）长速减慢
培养期间长速缓慢，特别是在PDA培养基上更加明显。
（2）长速不一
继代培养时，个体间长速差异明显，不能同时完成培养。
（3）长相不一
其继代培养物长相不完全相同，有的菌丝不舒展、有的菌丝边缘不整齐、有的菌丝干瘪、有的菌丝稀疏、有的气生菌丝变少或变多、有的在气生菌丝的顶端出现黄色色素，有的色素分泌到培养基中等。
（4）似非拮抗现象的出现
当在PDA培养基上培养时，出现星星点点的小菌落，这些小菌落不能随菌落的扩展而融为一体，而是两者边缘之间总有都不能逾越的“三八线”，但又不呈现典型的拮抗现象。
（5）其他不良表现
长势弱、成活率和产量降低、菇形变小、畸形、商品性降低、抗逆性和抗杂性下降等。
菌种的退化，是在传种继代过程中，从量变到质变的渐变结果，也是一种病态和衰老的综合表现。对于食用菌的同一个种，或者同一个斜面上的菌丝体来说，经移接培养后形成的菌株，在遗传物质上存在着差异，这种差异会因环境与培养条件的不同出现表型上的变化，加之菌丝个体小，生长快，易受理化及生物因素作用的影响，所以容易引起衰退，这种衰退最初是在群体中个体上发生，如不及时发现，采取有效措施，仍继续移接传代，则衰退的个体在群体中的比例会不断增加，从而使整个群体表现出严重的衰退。所以，我们应该一方面用妥善的保藏方法去延缓或遏制菌种迅速老化和变异；另一方面是给予适宜的环境条件，恢复原来的生活力和优良种性，达到复壮目的。采取下列措施，有助于延缓菌种的退化。
①要防止菌种混杂 在选留种菇，进行出菇试验等工作中，均应加强品种隔离，减少品种间的天然杂交，以保证优良品种的遗传组成在较长时间内能保持稳定。
②加强菌种保藏工作，并适当控制传代次数 传代是一个微生物技术术语，把培养物接种到新的培养基上，以保持该微生物原有性状和旺盛活性的操作叫传代。传代次数是否引起食用菌退化是一个复杂的问题，在微生物工业中，一些优质菌菌种在三代以后的孢子即表现出明显退化；而食用菌的情况不完全相同，次生菌丝从斜面到斜面是传代，属于无性繁殖，稳定性强，由于操作和外界条件的影响，有时产生变异，传代次数多，引起基因突变和发生衰退的几率就越高。所以在生产中，引进或分离纯化得到一个优良品种后，不要立即将该原始种全部用完，而应将其妥善保藏。菌种的传代次数一般不要超过6代。
③警惕菌种可能遭受病毒的感染 确证已感染病毒的，尤其是病毒粒子含量大，菌丝体及子实体性状已受到严重影响的菌种，应及时淘汰。病毒感染程度轻的，可以进行脱毒。据许襄中（1994）初步研究，采用挑取尖端菌丝（取染毒菌落尖端3～4毫米幼嫩菌丝）及高温培养（32～34℃）相结合的方法，有一定脱毒效果。关于人工脱毒技术的开发及效果评价，值得进一步研究。
④创造菌种生长的良好营养条件和生活环境 适宜的菌种培养基，能使菌种生长健壮，减少衰退，营养不足和过于丰富都会加快菌种衰退速度。
⑤经常改变培养基的配方成分 在菌种传代保藏过程中，切忌连续使用某一培养基固定配方，这也是防止菌种衰退的一项重要措施。
以上措施无疑都有助于延缓菌种退化的步伐。但是，由于造成退化的因素具有相当程度的普遍性和随机性，因此，任何一个优良菌种都不可能一劳永逸地永远保持优良性状。适时对菌种进行更新换代始终是实现高产稳产的一项根本措施。总的看来，我国常见栽培食用菌菌种的更新换代工作还赶不上生产迅速发展的需要，今后应进一步加强这项工作。
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