A、健那绿染液是专一性染线粒体的活细胞染料，可以使活细胞中线粒体呈现蓝绿色，细胞并没有被固定杀死，A错误；
B、甲基绿和吡罗红两种染色剂对DNA和RNA的亲和力不同，甲基绿使DNA呈现绿色，吡罗红使RNA呈现红色，利用甲基绿，吡罗红混合染色剂（而不是依次染色）将细胞染色，可以显示DNA和RNA在细胞中的分布，B错误；
C、观察植物细胞有丝分裂实验中，解离液（盐酸和酒精）解离的目的是使组织细胞相互分离开来，便于观察，C错误；
D、用取样器取样法调查小动物丰富度时，统计方法通常有两种：一是记名计算法；二是目测估计法，D正确．
故选：D．
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