我是A公司的自然人股东,A公司在我不知情的情况下将其在B公司的持股全部转让给了C,如何维护我的权益?

首先到工商局调取股权转让的有关资料，查清A公司转让股权情况，是否伪造，是何人违反规定做的。如果是伪造的，以A公司名义起诉请求确认转让协议无效。
如果是A公司的法人、经理独自做的，依照公司法20条、21条规定，请求追究法人或经理的责任，转让协议的效力就没有说无效了。
如果是A公司某些人与C恶意串通损害A公司利益，依合同法52条，请求确认转让协议无效。
公司法第二十条　公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。
　　公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。
　　公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。
　　第二十一条　公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员不得利用其关联关系损害公司利益。
　　违反前款规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。
合同法
第五十二条有下列情形之一的，合同无效：
　　（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
　　（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
　　（三）以合法形式掩盖非法目的；
　　（四）损害社会公共利益；
　　（五）违反法律、行政法规的强制性规定。

你可以起诉要求确认无效，作为A公司的股东，对于公司处分财产的行为有权行使管理和知情的权利，但是要注意A公司是否曾通过公告或发快递的方式对你进行了告知，在没有看到全部证据之前没有办法确切告诉你是否有胜诉的机会。